环境公益诉讼，是为了公共利益，并不是为了某个个人提起诉讼，个人不能申请赔偿。目前，现行法律法规及司法解释对公益诉讼赔偿款项的使用管理还不十分明确。
《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第24条规定了环境公益诉讼案件赔偿款项的用途，即法院判决被告承担的生态环境修复费用、生态环境受到损害至恢复原状期间服务功能损失等款项，应当用于修复被损害的生态环境。其他环境民事公益诉讼中败诉原告承担的调查取证、专家咨询、检验、鉴定等必要费用，可以酌情从上述款项中支付。但对公益诉讼案件赔偿款项归属、如何使用、谁来监督、谁来评估等一系列问题都没有细致规定。《人民检察院提起公益诉讼试点工作实施办法》《人民法院审理人民检察院提起公益诉讼案件试点工作实施办法》对民事公益诉讼案件赔偿款项的使用管理也没有规定。
因此，各地对环境公益诉讼赔偿款的使用管理存在不同做法。如昆明市环保局开设环境公益诉讼救济专项资金专门账户，对救济资金统一核算和管理。无锡市设立了财政专户，专门用于环境修复。同时，针对检察机关提起的环境民事公益诉讼案件中的赔偿款项的管理也有不同做法。一是赔偿款项支付至环境公益基金专用账户。二是赔偿款项支付至财政局环保专用账户。三是赔偿款项支付至检察院指定的账户。可见，实践中环境公益诉讼赔偿款使用管理不统一的做法普遍存在，容易导致环境修复款成为新的寻租空间，衍生新的腐败。
为了更好地管理并使用环境修复资金，2014年7月3日，最高人民法院发布《关于全面加强环境资源审判工作为推进生态文明建设提供有力司法保障的意见》(下称《意见》)，提出了“探索设立环境公益诉讼专项基金”的主张。2015年12月3日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发并实施《生态环境损害赔偿制度改革试点方案》，确定吉林、江苏、山东、湖南、重庆、贵州、云南七省（市）进行为期二年的试点工作，探索建立生态环境损害的修复和赔偿制度，资金管理制度即是其中重要内容。
