1、参保对象不同
新农合医保农民个人缴费标准在2016年的基础上提高30元，原则上全国平均达到180元左右。探索建立与经济社会发展水平、各方承受能力相适应的稳定可持续筹资机制。
城镇所有用人单位及其职工都要参加基本医疗保险，实行属地管理；基本医疗保险费由用人单位和职工双方共同负担；基本医疗保险基金实行社会统筹和个人帐户相结合。
城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。
2、作用不同
城镇居民医疗保险主要是对城镇非从业居民医疗保险做了制度安排。这一制度的出现在中国社会保险制度改革的历程中具有重大意义，指明了中国社会保险制度改革的方向。
基本医疗保险的水平要与社会主义初级阶段生产力发展水平相适应；城镇所有用人单位及其职工都要参加基本医疗保险，实行属地管理；基本医疗保险费由用人单位和职工双方共同负担；基本医疗保险基金实行社会统筹和个人帐户相结合。
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
3、缴费标准不同
城镇居民基本医疗保险不设立最低缴费年限，不缴费就无法享受待遇；由自民和政府共同缴纳保险费；
职工医保有最低缴费年限规定，缴费年限根据各地政策有不同规定。
新型农村合作医疗的就诊患者，是完全自费后拿着医院开具的发票去所在辖区政府机关申请报销的。拿北京的特殊病患者为例。各个区县报销比例不同。
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