皮肤、耳、眼部
皮肤表面普遍存在表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis），有时有金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。葡萄球菌在脸部与手部皮肤较多见。鼻翼、腋窝及腹股沟等处皮肤较潮湿，还可有大肠埃希菌（Escherichia coli）等革兰氏阴性杆菌。皮脂多的部位常见丙酸杆菌（Propionibacterium）。外阴部与肛门周围皮肤可找到耻垢分枝杆菌（Mycobacterium smegmatis）。皮肤受损时，这些正常菌群可趁机侵入引起化脓性感染。主要有金黄色葡萄球菌引起的疖、浓疱疮、汗腺炎等；表皮葡萄球菌可以在痤疮内找到，同时还可以发现痤疮丙酸杆菌。外耳道的正常菌群以肺炎链球菌（Sptreptococcus pneumoniae）和铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）较多，中耳和内耳一般无菌。
眼结膜上菌群甚少，因泪液中有溶菌酶存在。有时可有葡萄球菌、甲型链球菌（Sptreptococcusi）、流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）等。
口腔与消化道
口腔中有弱碱性唾液、食物残渣等，为正常菌群的繁衍提供了合适条件。最常见的菌群是甲型链球菌和厌氧链球菌，其次是表皮葡萄球菌、奈瑟氏菌（Neisseria）、乳杆菌（Lactobacillus）、螺旋体（Spirochaeta）、假丝酵母（Candida）等。当拔牙时，甲型链球菌可通过伤口进入血流。一般情况下，少量菌很快被肝、脾、淋巴结和骨髓中的吞噬细胞清除。但若心脏瓣摸有病损，或者是安装了人工瓣膜的人，细菌就会被阻留在那里并繁殖起来，导致内心膜炎。厌氧链球菌中有一种变异链球菌（Streptococcus mutans），与龋齿的形成关系密切。该菌能分解食物中的蔗糖产生高分子量、粘度大的不溶性葡聚糖，以致将口腔中其它菌群粘附于牙齿表面而形成菌斑。其中的乳杆菌能发酵多糖类产生大量酸，使酸碱度下降至4.5左右，使牙釉质和牙质脱钙而造成龋齿。
新生儿出生后数天内的口腔菌群，与母亲阴道内的菌群相同，随后逐渐接近成人的口腔菌群。
消化道中的正常菌群的种类和数量，在不同部位是不同的。胃酸的酸度很高（pH2-3），因而胃内基本无活菌。空肠和回肠上部的菌群很少。结肠和直肠则有大量细菌，主要是类杆菌（Bacteroides）、双歧杆菌（Bifidobacterium）、大肠埃希氏菌、乳杆菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌（Proteus）、梭菌（Clostridium）等。1克干粪含菌总数在4千亿个左右，约占粪重的40%，其中99%以上是厌氧菌。肠道菌群受饮食、年龄等因素影响很大。多食蛋白质的人，大肠埃希氏菌生长旺盛；以吃淀粉为主的人，乳杆菌较多。哺乳期婴儿的肠道菌群主要是双歧杆菌，占总菌数的90%左右；随着成长，双歧杆菌下降，类杆菌、乳杆菌、梭菌等逐渐增多。
婴儿刚出生时肠道是无菌的，1-2小时后就有菌出现。开始时菌种和数量少，随后逐步增多。先定殖的是需氧菌，然后是厌氧菌。因前者生长繁殖需消耗周围微环境中的游离氧，这有利于厌氧菌的繁殖。此过程约1周左右。
鼻腔与呼吸道
鼻腔粘膜常有表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌存在，有时有甲型链球菌、棒状杆菌（Corynebacterium）、布兰汉菌（Branhamella）等。医务人员的鼻腔若带有金黄色葡萄球菌，常会污染病房空气，这就使免疫力低下的病人意外受到感染，我们称这种感染为医院内感染。医院内感染加重了患者病情，应引起人们重视。
咽喉和扁桃体粘膜上普通存在甲型链球菌，经常有肺炎链球菌、乙型链球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌等。
上呼吸道的菌群进入下呼吸道后，由于受到机体多种免疫因素的影响，菌数逐渐减少而消失。正常情况下，支气管末梢和肺泡是无菌的。
泌尿生殖道
生殖器的正常菌群较多，常有表皮葡萄球菌、甲型链球菌、肠球菌（Enterococcus）、棒状杆菌、类杆菌、奈瑟氏菌、不动杆菌（Acinetobacter）、耻垢分枝杆菌、支原体（Mycoplasma）、假丝酵母等。这些菌群也可以在男女两性的尿道口发现。
阴道内菌群随内分泌变化而波动。阴道分泌物中常含有无害的微球菌。初生女婴阴道的酸碱度在5左右，主要为乳杆菌；出生后1个月至青春期，酸碱度升至7左右，主要菌群转为表皮葡萄球菌、棒状杆菌、大肠埃希菌等。青春期后，阴道酸碱度又下降，乳杆菌等重占优势，直至绝经期为止。
