民族区域自治制度和特别行政区制度的区别如下：
1、可转换公司债券不同
对于可转换公司债券，计算民族区域自治制度时，分子的调整项目为可转换公司债券当期已确认为费用的利息等的税后影响额；
而特别行政区制度分母的调整项目为假定可转换公司债券当期期初或发行日转换为普通股的股数加权平均数。
2、认股权证和股份期权不同
民族区域自治制度等的行权价格低于当期普通股平均市场价格时，应当考虑其稀释性。 计算基本每股收益，作为分子的净利润金额不变；
而特别行政区制度分母的调整项目为按照本准则第十条中规定的公式所计算的增加的普通股股数，同时还应考虑时间权数。 当期发行认股权证或股份期权的，普通股平均市场价格应当自认股权证或股份期权的发行日起计算。
3、开发票时填写的信息不同
民族区域自治制度需要在申报的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。购买方为企业的凭证，索取申报时，应向销售方提供统一社会信用代码。
而特别行政区制度为其提供开小规模纳税人时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
特别行政区制度是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的发票代码不同，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。
参考资料来源：百度百科-民族区域自治制度
