一、行业费率档次少、保险费率水平低
目前按照我国《国民经济行业分类》，我国工伤保险按不同行业的工伤风险程度将行业划分为3个类别：风险较小行业、中等风险行业和风险较大行业。这三类行业的缴费比例分别为用人单位职工工资总额的0.5%、1.0%和2.0%。从费率设置上可以看出，行业之间的工伤风险差别较大，但是费率差别不大。
二、工伤保险覆盖率较低
2011年、2012年、2013年、2014年和2015年，全国参加工伤保险人数占全国就业人员比例为23.1%、24.8%、25.8%、26.7%和27.6%；而农民工参保人数占农民工总人数的比例分别为27%、27.3%、27.0%、26.9%和26.9%。无论是从参加工伤保险人数总量和参加工伤保险农民工人总数来分析还是从农民工参保数占农民工总人数比例和全国参保数占全国就业人员比例来看，两者均较低。
三、工伤认定制度方面存在的问题
1.工伤认定缺乏明确的法律规定
《工伤保险条例》没有对工伤进行明确的定义，而是凭借经验对是否认定为工伤的范围做了具体的举例说明，并没有用一般性的基本的条款对工伤的定义进行规定。一般情况下通过判断发生的事件是否属于列举中的法律事实，来进一步判断其是否属于工伤。但是，由于凭借经验列举的法律事实比较僵硬化，当现实生活中经发生一些新的法律事件时，很难判定其所属的工伤认定范围。
2.工伤认定程序复杂
根据《工伤保险条例》、《工伤认定办法》等相关法律、法规的规定，一套完整的救济程序通常需要经过申请工伤认定、有关行政部门审查、处理等十多个程序，通常需要长达3年半的时间。现实生活中很多用人单位为尽量减少赔偿，他们通过滥用诉讼的权利，延长救济程序的认定时间，以此来消磨劳动者的耐心，拖垮劳动者。一般情况下，职工从自己的身体健康的角度来考虑，通常会无奈的选择放弃工伤认定或者接受不公平的调解。这不仅不符合劳动法的立法宗旨还违背了工伤制度的立法目的。
3.工伤认定过程缺乏监督
对工伤认定结果的公示是工伤认定监督过程中最重要的一环，其要求社会保险行政部门一方面通过全面搜集与事件有关的证据熟悉了解工伤事件的原委，准确的应用相关法律；另一方面要积极的接受社会人民、司法权利机关的监督。此外其还要规范履行认定程序。但是工伤认定与行政许可、行政处罚等行政行为相比，它直接涉及到劳资双方当事人的利益，透明度较低，致使用人单位和工伤职工的知情权得不到根本的保障。因此，一方面为了使工伤认定部门收集的证据以及认定过程更加透明更加具有有公信力，另一方面也使处理的结果更加公正，设计一项规范的工伤认定制度势在必行。
4.工伤认定申请主体不明确
《工伤保险条例》规定启动工伤认定程序时要首先由用人单位提出工伤认定申请。如若用人单位未在法律规定的时限提出申请，那么申请主体可以是工伤职工、工会组织或者是其亲近亲属。但是法律仅仅大致的规定了职工本人、近亲属、工会组织可以申请，并未规定哪个可以优先申请。这项规定与我国《民法》、《刑法》等法律的规定也不一致，与通常适用的法律经验相违背。
四、工伤预防机制建设不足
在政府管理方面，我国的工伤预防管理体制比较复杂，主要体现为工伤事故预防由国家安全生产监督管理部门管理、职业病防治由职业卫生部门管理、工伤保险基金由社会保障管理部门管理。在工伤预防方面，这些部门一方面存在一定程度上职能的交叉另一方面各部门之间缺乏相应的协作机制。此外在我国普遍存在的一个问题就是：一方面职工参加工伤保险后，工伤补偿有了一定的保障，另一方面由于工伤风险差别较大的企业的费率差别较小，于是一些企业对工伤预防就不再那么积极，对生产设备的保养以及工作环境的改善不再那么重视。
五、工伤保险中存在一定的道德风险
1.工伤预防方面
我国在目前的工伤保险费的收取方面实行的是差别费率和浮动费率，对同一行业的不同企业收取的费率也会根据上年的工伤事故发生频率、安全措施的改善等方面来实行不同费率，这在一定程度促使雇主加强工伤预防，减少了他们的道德风险。但是，政策并没有明确规定对于安全措施不到位企业采取何种惩罚措施，这又会在一定程度上使道德风险的存在增加。
2.工伤赔付与康复方面
一方面作为工伤保险的需求方，患者就诊时知道自己不需要支付医疗费，而由工伤保险机构来支付，患者就可能出现小病大养、门诊改住院等过度消费的现象。另外还存在工伤职工为家人、朋友等使用的不合理医药费用和为以前的疾病治疗的不合理医疗费用。
另一方面，医疗机构为了自身利益存在诱导性治疗和过度治疗。医疗机构的收益主要依靠大量的药品和医疗服务收入，同时，较强的专业性和信息不对称使得医疗服务处于垄断地位，工伤保险机构和工伤职工无法做到有效的监督。受利益驱动，即使在病情已经确定的情况下，医生依旧会让患者做多余的医疗设备的检查，提供过度的治疗。
