日本绿卡和国籍都是长期在日本生活的合法证件，但是在性质和国籍等方面有所不同，它们的区别是：
1、性质不用。绿卡是指的长期合法居留工作的证件；而国籍指的是成为该国公民。
2、国籍不同。持有绿卡的个人国籍并没有改变；而拥有国籍在我国等于放弃了中国国籍，加入了日本国籍。
3、在政治权利方面。持有绿卡个人因为国籍问题，没有选举权；而加入该国国籍后，就成为该国公民，就有了选举权。
4、回国的时候不同。持有绿卡的个人在回国的时候可以直接回国，不用签证；而加入日本国籍之后，回国则需要去中国大使馆办理签证。
参考资料来源：百度百科——国籍
参考资料来源：百度百科——绿卡
