两者区别如下：
专业型硕士教育的学习方式比较灵活，大致可分为在职攻读和全日制学习两类。比较简单的区分办法是：招收在职人员、以业余时间学习为主的专业学位考试通常在每年的10月份进行，名为“在职人员攻读硕士学位全国联考”，简称“联考”；招收全日制学生的专业学位考试与每年年初举行的“全国硕士研究生统一入学考试”(简称“统考”)一起举行。
全日制专业型硕士：
由于2009年以前的学术型硕士跟不上发展的需要，硕士研究生是学术型的课程但是大部分确是不读博士出去找工作，大部分的单位都反映学术型硕士专业技能太差，又没有什么学术研究能力，学术研究型项目其实只能由博士来做，而所谓的学术型硕士根本没有什么学术研究能力，工程研究能力也弱。教育部觉得形势严峻，作出硕士研究生主要面向应用的决定，推出了“全日制专业型硕士”作为一种全新的研究生形势，并且从2010年开始减少学术型硕士，减少的名额用以增加全日制专业型硕士，最终达到专业型：学术型=7：3，全日制专业型硕士重点培养工程研究能力强的应用型硕士，而学术型硕士专门供给打算继续读博士的学术研究型人才和当教师的人才做中间跳板用。
