区别主要表现在以下三个方面
1、级别不同：
（1）乡镇卫生院是县或乡设立的一种卫生行政兼医疗预防工作的综合性机构，其任务是负责所在地区内医疗卫生工作，组织领导群众卫生运动，培训卫生技术人员。
同时对基层卫生医疗机构进行业务指导和会诊工作，是农村三级医疗网点的重要环节，担负着医疗防疫，保健的重要任务，是直接解决农村看病难看病贵的重要一关。
（2）县（市）级医院是临床治疗型医院，是老百姓看病的主要场所，是临床疑难常见病、多发病以及急危重症病人的救治中心，是农村三级医疗网络的龙头，其目标任务是保证“大病不出县（市）”。
新医改明确要建立以县级医院为龙头，以乡镇卫生院为骨干，以村卫生室为基础的三级医疗辐射网络。县级医院除了承担对危重病人的治疗和抢救，还将承担对乡村卫生机构的业务技术指导和培训。
2、待遇不同：
（1）县级医院待遇享受县级事业单位人员最低工资待遇.
（2）乡镇卫生院享受乡镇事业单位人员最低工资待遇。
3、发展不同：
（1）乡镇卫生院发展目标：逐步配强配齐卫生技术人员，保证老百姓“中病不出镇”；逐步加大财政投入力度，使乡镇卫生院从自食其力以药养医转到政府养医；逐步推进乡镇卫生院管理体制改革；加强乡镇卫生院特色产品的定制及市场化运营。
（2）县级医院发展目标：作为五个重点实施方案之一，在3年内中央将重点支持2000所左右县级医院建设基层医疗卫生服务体系，使每个县至少有1所县级医院基本达到标准化水平。
参考资料来源：百度百科-乡镇卫生院
参考资料来源：百度百科-县级医院
