农信社属于集体所有制企业单位，以省为单位，归省国资委管辖，属省管企业。 所以不是事业单位，属于企业单位。现部分开始进行股份制改革，走股份制商业银行股份有限公司的模式。
各级农信社都是独立的法人，乡、镇、县级农信社都是独立经营的，人事任免权、资产经营权、信贷管理权、资金使用权均归自己，省级和市级信用联社只是一个松散型组织的领导者，只收管理费和进行业务指导和培训，协调各信用社之间以及信用社与其他金融机构之间的关系，有点类似于银行同业协会，但权力比协会权利稍大一点。
不过，随着金融体制改革的不断深入，各地的农信社将逐步组成农村合作银行，市级和省级信用联社是在这种背景下成立的(目前已有部分地区已成立了农村合作银行)，随着农村合作银行的成立，组织形式将变成和城市商业银行一样，在给各农信社一定期限的自主经营缓冲期后，市级的信用联社将行使与现在全国性银行一样的分行的职能，下面的农信社就成为的支行和分理处，然后市级信用联社再合并到省级信用联社，省级信用联社再行使实质性的管理功能。
