一、考试科目不同。合格考试包括高中课程方案规定的所有科目，即语文、数学、外语、思想政治、历史、地理、物理、化学、生物、艺术（或音乐、美术）、体育与健康、技术等科目；等级考试则是指从思想政治、历史、地理、物理、化学、生物6门科目中由高中学生自主选择3个科目参加高中学业水平等级考试。
二、考试目的及成绩使用不同。合格考试的目的在于检查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案规定的基本学业要求，考试难度较小，合格考试是高中学生毕业的主要依据。等级考试的目的则是凸显不同高中生在学业修习上的学科特长，考试难度相对较大，等级考试成绩经换算后计入高考总成绩。
三、考试时间不同。合格考试每学年组织两次，分别安排在每学年上、下学期末。高中生在校期间有多次考试机会，但不得早于高一下学期末。等级考试安排在高三学年的上学期末进行。
