毕业生户口和档案不一定要在一起。
户口存放问题：
毕业生凭毕业证、户口迁移证将户口迁回生源地或拟就业地。入学时未迁户口的毕业生，就业时可按就业地落户政策申请迁入户口。
如果毕业后不主动将户口迁出到目的地，学校一般会将户口打回原籍。毕业生要带上由学校所在辖区公安派出所开具的户口迁移证，在注明的有效期内，带上报到证，到户口迁移证上的地址办理落户手续。
档案存档问题：
如果毕业后暂时没有找到合适的工作单位，档案通常在学校可以保存2年。2年后，档案将由学校转至当事人的户籍所在地人力资源公共服务机构保管，需要及时向服务机构咨询并办理存档事宜。
扩展资料：
档案留校问题：
档案若迁回生源所在地，只在到生源所在地的人才交流中心申请，人才交流中心会向档案所在地提出调档函，具体可以咨询下当地的人才中心。
国家2002年下发过文件，允许毕业时尚未落实单位的毕业生户口、档案一般可留校两年。待落实工作单位后，将户籍和档案迁至工作单位所在地，申请档案留校超过两年仍未落实工作的，学校将其档案和户口迁回生源地，学校不再为其发放就业报到证。
参考资料来源：华商网——【档案+户口+租房！毕业生离校注意这三件事】
