1、种类不同
可可豆是可可树的果实，早在哥伦布抵美前，热带中美洲居民，尤其是马雅人及阿兹特克人，已知可可豆用途，不但将可可豆做成饮料，更用以作为交易媒介。16世纪可可豆传入欧洲，精制成可可粉及巧克力，更提炼出可可脂(cocoa butter)。
咖啡树为茜草科多年生常绿灌木或小乔木，是一种园艺性多年生的经济作物。咖啡树的原产地在非洲的埃塞俄比亚。巧克力，原名就叫可可，是从可可树上结的果子里取出的种子，这种直接从树干、树枝上生长出来的果子也叫做可可豆荚。
2、采摘周期也不同
咖啡豆是长在树枝上的，一颗咖啡果掰开里面有两瓣咖啡豆。在作物采摘期方面，咖啡树是一年一收成。可可果是长在树干上的，一颗可可果像橄榄球般大小，大概有20-70颗可可豆不等。可可果是二年一收成。
3、口感不同
从成品豆子的外形上来看，咖啡豆的外貌比可可豆明显要“清秀”，光滑的豆面，几乎每一颗同品种咖啡豆尺寸都一致，中间统一梳着一道发际线，看着就觉得分外体面。相较之下，可可豆灰头土脸，面上总有一层看起来不干净的东西糊着，但是可可豆碾碎了是粉末，实心的，口感醇厚。
