马的胃尺寸很小，这就限制了单次的进食量。马的胃容量的平均大小是4加仑（15升），工作效果最好的时候大约是2加仑（7.6升）。连续觅食或者每天少量多次的喂食要比一天一到两顿的大餐对马更好，其中一个原因就是当胃开始排空的时候里面还会留有三分之二已经处理或没被处理的食物。
马的小肠大约又50-70英尺（约15-21米）长，它的容量大约是10-12加仑（38-45升）。小肠是非常重要的消化器官，其中所有营养物质种50%－70%被吸收到血液当中。肝脏中的胆汁和胰腺中的酵素与一些小肠中自有的物质结合。马科动物没有胆囊，胆汁会不断的流入小肠，适应缓慢稳定而持续的食物供应。
盲肠是大肠的第一个部分，是一个盲端袋，大约4英尺（1.2米）长，容量大概7加仑（30升）。小肠通向盲肠的过程中，食物中的植物纤维素由微生物进行大约7小时的发酵，发酵后的物质通过节流孔离开盲肠传输到大结肠。盲肠的微生物生产出维生素K、复合维生素B、蛋白质和脂肪酸。马只有慢慢的改变饮食，盲肠中的微生物才能够逐渐的改变和适应新的饲料中不同的化学结构。突然的饮食变化可能会由新食材的不正确消化而导致绞痛。
大结肠、小结肠、直肠和其他部分共同组成了大肠。大结肠10-12英尺（3-3.7米）长，最多可以容纳20加仑的半液体物质（76升）。大结肠的主要作用是吸收盲肠中分解的纤维素中的碳水化合物。这段肠道中弯曲和转折比较多，是嵌塞这种绞痛最常见的发病部位。小结肠也是10-12英尺长（3-3.7米），容量大概是5加仑（19升），在这一段儿区域，食物中大部分的水都被吸收了，并且形成粪球。直肠就是一个废料的储存室，大约有一英尺长，最后的废料经过肛门排出身体。
