清华大学医学院成立于2001年10月25日，首任院长由中国著名医学科学家、两院院士吴阶平教授担任。
本科生
生物医学工程
生物医学工程是工程学、生命科学和医学紧密结合的交叉学科，它将工程学的原理和方法与生命科学的原理和方法有机结合，从分子、细胞、组织、器官、系统、人体等多层次发展这些领域的新概念和新知识，研制用于预防、诊断、治疗疾病及促进健康的创新性医疗设备、生物制剂、生物材料、生物过程、植入设备等。生物医学工程学科的发展，为人们更全面地探究人体、更快捷地诊治疾病、更有效地促进健康提供了可能。生物医学工程是世界范围内极具前景的朝阳学科之一，也日益成为当今社会最受关注的领域之一。
药学
药学本科专业设置为药学专业，通过各种教学及实践活动，利用四年的时间培养出理论知识扎实、实践及创新能力强、发展潜能大，从事药学科学、制药技术、以及制药相关领域的教学和管理的高级专业人才——药学科学家。这样的高级人才将具备较强的药物发现能力、药物成药性判断能力以及药物开发能力，以满足国家在这一领域中对高级人才的大量需求。
研究生
基础医学
基础医学系的研究生培养工作是建立在生物学专业研究生培养的基础上。医学院成立以来，在清华大学生命学院生物学研究生培养方案的引领下培养自己的研究生，2008年全国优秀博士学位论文1篇。2007年以来，多位青年学者回国加盟基础医学系，不仅拓展了基础医学系的生物学研究方向，而且给年轻的医学院带来了勃勃生机。基础医学系PIs的研究方向已包括神经科学、膜蛋白与重大疾病研究、生物化学与分子生物学。
生物医学工程
生物医学工程专业是全国第一批建立的学科点(1979年建立)，也是我校所拥有的19个全国重点一级学科之一。生医建设的两门研究生课程获得“清华大学精品课程”称号，《数字信号处理》、《医学成像系统》《随机信号统计处理》等教科书都成为了研究生推荐教材。
药学系
清华大学药学系成立于2012年11月，有PI的科研方向涉及到药物化学、肿瘤药理学、离子通道与痛觉药理学、毒理学，药物制剂及药物递送，等药物研发中的关键领域。药学系发展的长远目标是为新药研发培养人才，并且在清华建设一个药学研究中心。
