砧木和接穗之间的相互关系，其机制是很复杂的。砧木对接穗的影响是相互影响中占主要地位的一方，主要体现在以下两方面：（1）营养和运输方面：试验结果表明，矮砧果树比乔砧果树通常含有较多的有机和无机营养。
如嫁接在M9矮化砧上的苹果幼树进入结果期较早，就是因为其新梢内能够较早的积累淀粉，从而有利于花芽原始体的分化。
嫁接在乔化砧上的幼树，一般长势较旺。
其强旺的根系所吸收的水分和养分较多，刺激了新梢的营养生长，早期积累的淀粉数量很少，因形成花芽较晚，开始结果的年限自然也要推迟。
砧木的种类不同，其根系吸收无机养分的能力也不一样，因而对接穗生长的影响也就有所区别。
如在营养水平较低条件下栽培的桃树，根系强大、长势较旺的乔砧，比根系较小、长势较弱的矮砧，可吸收更多的营养和水分供接穗生长需要，在这种情况下，自然是乔砧上的接穗生长良好。
但是，当土壤中盐的含量特别是有害的氯离子增多时，根系吸收越多输送到接穗上去的也越多时，则嫁接在乔砧上的旺长植株所受到的损害就越重。
可，长势不同的砧木，在不同的土壤条件下所引起的结果是不一样的。
通过对嫁接在乔砧和M9矮砧的一年生苹果苗研究表明，乔砧的地上部存在的磷和钙的数量，比M9砧的地上部多3倍以上，因而乔砧的营养生长要比矮砧强旺得多。
但正是因为营养生长旺，所以推迟了结果年限。
（2）内源激素方面：在应用中间砧或在幼龄树干上进行倒贴皮时，会出现生长上的变化，这是因为从叶片输送到根部的天然生长物质和营养物质受到干扰的结果。
有些物质如维生素B1，是根系生长所必不可少的，因此停止或减少这些物质的供应，便会影响砧木的生长，从而引起树体的矮化。
矮化砧木所以能表现出矮化特性，是因为它们本身所产生的内源激素较少，又没有能力传递和利用接穗所产生的内源激素，所以当矮砧幼树树体中含有较多内源激素的时候，可以旺盛生长1～2年，一旦内源激素不足时，根和接穗的正常生长便会受到影响而表现矮化。
测试结果表明，矮化砧M9皮层中促进生长的激素含量较低，抑制生长的激素含量较高；而乔化砧M16的皮层中促进生长的激素含量较高，抑制生长的激素含量较低。
从M16（乔化砧）、M1（半矮化）、M7（半矮化）、M9（矮化）四种砧木的提取液中，测定内源激素——脱落酸的含量，结果表明，随着矮化性状的增强，脱落酸的含量也随之增加。
作为促进生长的内源赤霉素，不同砧木的含量是不一样的。
矮化砧M9的提取液中，类似赤霉素物质的含量较低，而乔化砧M1和M25中的含量则较高，所以，用M9嫁接的树体较为矮小，而用M1和M25嫁接的苹果树则树体较为高大。
不同类型的矮化和乔化砧木，其内源促进生长素和抑制生长素的含量是不一样的，就是在年生长周期中，含量也有变化。
这些激素不仅能控制或促进本身的生长，也能通过嫁接部位对接穗的生长发挥作用。
