一、两者的概念不同
车辆购置税主要是针对在我国境内行驶的汽车为课税对象，是在特定的环节进行征收的一种税费，是国家规定必须缴纳的税费之一，由国家税务局征收。
车船税是指在我国境内应依法到公安、交通、军事等部门进行相关登记的车辆和船舶，根据不同的种类，按照规定的计税价格等进行征收的一种税费，是一种地税，由当地有关部门征收。
二、 两者的征税时间不同
车辆购置税是在购车时一次性缴纳，以后在车辆使用过程中无需在缴纳购置税，如果车辆在购置时已经缴纳过购置税则无需再缴费。具体的讲是在办牌照之前要缴，否则不给你上牌。
车船税是每年都需要征收的，从2007年7月1日开始需要在投保交强险时缴纳车船税，由保险公司代收。
三、 车船税和车辆购置税的区别缴费标准不同
车辆购置税实行的从价定率来计算应缴纳税额。计算公式为:应纳税额=计税价格×税率。但是计税价格并不是完全按照发票的面额来计算，为了防止商家推销故意开低车价以减少购置税，国家税务总局参照应税车辆市场平均交易价格，规定了不同类型应税车辆的最低计税价格。
车船税是按照固定税额的。计算公式为：应纳税额 = 年应纳税额 ÷ 12 × 应纳税月份数。2012年新的车船税将按7个档次征收，具体车主可以查询相关税率表。
