凡国旗与区旗同时悬挂时，须将国旗置于中心、较高或者突出的位置。国旗与区旗同时或并列升挂、使用时，区旗应小于国旗。
列队举持国旗和区旗行进时，国旗应在区旗之前。
平列悬挂国旗和区旗时，国旗在右，区旗在左。
于室内展示国旗及区旗，在确定旗帜后方墙壁的左、右时，以人背向该墙而立，面向前方时的左、右为准。于建筑物外展示国旗及区旗，在确定该建筑物的左、右时，以人立于建筑物前，面向该建筑物前门时的左、右为准。
行政长官官邸、香港礼宾府、香港国际机场及香港特别行政区各边境管制及检查站等地点，每日均展示国旗和区旗。此外，在每个工作日，各主要政府合署及建筑物，如行政长官办公室、行政会议、终审法院、政府部门总部、政府综合大楼，以及公共体育及文化场馆，亦有展示国旗和区旗。
在指定的日子，即国庆日（十月一日）、香港特别行政区成立日（七月一日）和元旦（一月一日），上述政府合署及建筑物、其他建筑物如医院及学校等地方，亦会展示国旗和区旗。
传统上，国旗和区旗是在日出时升起，日落时降下。按照这项传统，国旗和区旗应在上午八时升起，下午六时降下。每枝旗杆只准升挂一面旗帜。
在直立的旗杆上升降旗帜，应当徐徐升降。升起时，必须将旗帜升至杆顶；降下时，不得使旗帜落地。
凡国旗与区旗并列升挂时，须先将国旗升起，而国旗亦须于最后降下。
下半旗时，须先将旗帜升至杆顶，然后降至旗顶与杆顶之间的距离为旗杆全长的三分之一处；降下时，须先将旗帜升至杆顶，然后再降下。
《国旗及国徽条例》和《区旗及区徽条例》亦列明有关下半旗的情况。
有关机构须向负责升降旗帜的人员阐明升降旗帜的正确方法。不得展示或使用破损、污损、褪色或不合规格的旗帜。
须定期检查旗帜，以确保清洁及完好无缺。毋须使用时，须把旗帜弄干、摺叠整齐和妥为存放。下列人士逝世须下半旗志哀：中华人民共和国主席中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会委员长中华人民共和国国务院总理中华人民共和国中央军事委员会主席中国人民政治协商会议全国委员会主席对中华人民共和国作出杰出贡献的人，并由中央人民政府向行政长官推荐对世界和平或人类进步事业作出杰出贡献的人，并由中央人民政府向行政长官推荐行政长官认为对香港特别行政区作出杰出贡献的人或者认为适宜下半旗予以哀悼的人除此之外，在中央人民政府向行政长官提出要求的情况下，或是行政长官认为有需要的情况下，均可作出下半旗，包括发生导致重大伤亡的天灾、人祸。
