衢州民航站于1993年11月26日建成通航，首航开通衢州至杭州、厦门空中航线，相继开通至上海、广州、北京、南京、青岛、深圳等航线，缩短了衢州与上述各地的时空距离，方便了衢州及周边地区同沿海发达地区的经济文化交流和人员往来。坚持以服务衢州经济社会发展为己任，积极开辟航班航线，努力优化航线布局。开通运营的有衢州至北京航班每天1班；衢州至深圳航班每天1班；衢州至厦门航线每周一、三、五、七4班。北京航线使用了波音737飞机，深圳航线使用了空客A320，厦门航线使用了波音737飞机。
通航以来，衢州民航坚持“安全第一，预防为主”的方针，把确保旅客生命财产安全作为永恒的追求目标，采取积极有效措施，构筑安全防范屏障。健全制度，严格管理，强化监督，加强军民航协作，完善保障设备，加大业务培训，不断提高安全保障水平。截至2013年4月，衢州机场已连续保证了20个航空安全年。
遵循“以客为尊，诚信服务”的宗旨，拓展服务项目，健全营销网络，开展航旅合作，推行阳光服务。开展始发、往返航班机票销售、国际机票代办、航班信息查询、包机、航空旅游、货运等服务项目，2006年6月起增设了电子客票业务。在本市及金华、丽水、上饶等周边地区设立机票代办点，进一步方便旅客。携手旅游部门，积极开拓航空旅游市场。为老弱病残孕旅客开设绿色通道，开展无人陪伴儿童乘机服务，鲜活动物货运等服务项目。通过延伸服务、细化服务，努力为旅客提供周到的服务。完善特殊航班服务预案，推行服务承诺制度，建立旅客意见征询制度，自觉把服务工作置于旅客和社会监督之下。被评为浙江省地方航站运输服务质量第一名。
衢州民航站重视员工队伍建设，推进学习型单位创建，有计划地组织政治业务学习和培训，鼓励和支持干部职工学习科学技术知识。大专以上学历占全站员工的88%。加强精神文明建设，努力把衢州民航建成靓丽文明的浙西航空港。先后被评为衢州市花园式单位、庭园绿化先进单位、卫生信得过单位、十佳文明单位、浙江省卫生先进单位和民航华东管理局二级文明机场。衢州自古为兵家必争之地，军事重镇。衢州机场始建于民国22年（1933年），当时由于种种原因，工程时作时停，历时三年仍未能完成。
1937年7月卢沟桥战事爆发，8月松沪战事继起，烽火直逼浙江，11月杭州及笕桥机场沦陷，本省军政机关内迁金、丽，南京政府迁都重庆，全面抗战形势已基本形成。1937年12月空军总指挥部电令：衢州空军站为我空军出龚台湾及日寇本岛之重要基地，杭州空军总站即改为衢州空军总站，并兼管江西玉山机场场务，原衢州航空站撤销。又于1939年6月改为空军第十三总站，此时的浙江已成为抗战之前沿，而衢州机场亦成了东南战局之重心，大批军队集结来衢，汽油、配件及物资堆积如山，我空军持此为根据地。衢州驻扎空军航空兵第二十九歼击师，衢州空军在为衢州的安全和经济建设方面也作出了重要贡献。
