宠物小精灵动漫中，火箭队的目的是捕捉具有强大力量或者稀有的神奇宝贝，并利用它们的力量来达到夺取世界的目的；因此火箭队是捕捉所有神奇宝贝，尤其是强大的神奇宝贝，而皮卡丘就是火箭队认为强大的神奇宝贝之一。
在宠物小精灵的前几集中，皮卡丘每一次都能击败火箭队，并且小智（动漫主角）拥有的皮卡丘，比其他皮卡丘的体型要大，因此火箭队认为小智的皮卡丘为强大的稀有神奇宝贝，从而非常想要捕捉到皮卡丘。
火箭队中，只有小次郎，武藏，喵喵一行人认为皮卡丘十分稀有和强大，想要捕捉到小智的皮卡丘献给火箭队的老板板木，但是板木本身并没有捕捉皮卡丘的意图；因此并非火箭队要抓皮卡丘，而是动漫中出镜率较高的武藏小次郎小队想要捕捉皮卡丘。
皮卡丘在动漫中设定虽然不是稀有神奇宝贝，但是在战斗中小智的皮卡丘却发挥着非常大的作用，值得注意的是雌性的皮卡丘尾巴上有一个V形的缺口，雄性皮卡丘耳朵上的黑色部分比雌性更少。
