宅基地纠纷可分为两大类：一类是因权属(包括所有权和使用权)不明引起的案件。按《土地权属争议处理暂行办法》第2条、第4条、第29条和《土地管理法》第16条的规定，当事人就宅基地权属发生争议的，由人民政府处理;当事人对政府处理不服的，可向法院提起行政诉讼。这类案件不属法庭管辖。另一类是因侵权或随意处分宅基地引起的民事案件，这类案件属法庭管辖。
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基本案情：1991年，毛某A在本村统一规划下新得一处宅基地，并于1991年8月5日由原阳县人民政府依法为其颁发了《集体土地建设用地使用证》。在之前，毛某B的父亲居住于此并存有三间老房，老人去世后房屋由毛某B居住并另搭建了临时房屋，存放有砖块等物。毛某A取得《集体土地建设用地使用证》后计划在此处建房，要求毛某B拆除三间旧房及临时房屋并腾清杂物，但被毛某B拒绝。经多次协商无果，毛某A便将毛某B起诉至原阳县人民法院。
裁判结果：原阳县人民法院经审理认为：毛某A以取得该处宅基地并办理了《集体土地建设用地使用证》为由请求毛某B停止侵权;毛某B主张在毛某A取得《集体土地建设用地使用证》前，毛某B的父亲已先占有该宅基地，并建有房屋，其对房屋享有所有权，且该物权应依法保护。此纠纷不是土地使用权侵权纠纷，不属于人民法院民事案件受案范围，应由有关行政机关处理。裁定：驳回毛某A的起诉。
法官赵志远说法：此类纠纷在农村很常见，有不少人认为只要有纠纷就去找法院，这是不对的，并不是什么纠纷法院都有权处理。法院受理涉及土地及相邻关系的民事案件范围主要为侵权纠纷、排除妨碍纠纷、或者返还原物纠纷。《中华人民共和国土地管理法》第十六条第一款明确规定：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。本案是明显的土地使用权争议，根据法律规定，法院无权处理。
涉及土地问题引起的纠纷应该如何处理呢?
一、首先你要证明这块土地你有使用权，而证明的办法只有一个，那就是土地权属证明。因为土地是不动产，其权属证明在我国是登记制，当事人必须持有土地权属证明才能证明你对这块土地有权利。颁发土地权属证明是政府的权力，没有取得这个证明前，是不能直接向人民法院起诉的。
二、如果双方都有土地权属证明，只是土地边界有交叉、界限不明等引起的纠纷，应当先由政府确定边界，这也是法律赋予政府的行政权力。
三、一方持有土地权属证明，另一方在其持有证明之前在该土地上有房屋等不动产，应该先找政府明确两方的权利。因为房屋和土地使用权都是一种物权，房屋在先的房主并不存在侵权行为，法院就无权处理，处理这样的纠纷也是政府的职责。
四、如果一方取得土地权属证明后，另一方在其土地上放置杂物、建房等影响其正常使用的情况，这就是明显的侵权行为了，协商不成时，就可以向人民法院起诉。
