南通市轨道交通远景线网由4条市区线和4条市域线组成，线网总长约324km，其中市区线总长170.8km，市域线总长153.2km。此次获批近期建设1号线一期和2号线一期工程共2条骨干线路，线路总长59.55公里，共设车站41座，总投资397.13亿元。
规划中的南通市轨道交通线网呈“T”形放射结构，线网由4条线路构成，总长170.8公里，1号线途经南通西站地区、市北高新（南通）科技城、老城区、新城区、能达商务区、苏通科技产业园；2号线途经南通火车站、市北新城、老城区、观音山新城、南通高新区、通州城区；3号线途经港闸开发区、市北新城、观音山新城、新城区、能达商务区、锡通产业园区南区，4号线途经通州城区、南通家纺城、锡通产业园、苏通科技产业园。
规划中的四条城际线，未确定由S打头或R打头或由L打头，线路1从南通火车站经南通空港、通州开往南通滨海园区，线路2从通州开往如东，线路3从锡通南区开往海门市三厂街道（此线可能东延至启东），线路4从南通西站开往如皋港长江镇（此线可能北延至如皋、海安）。
