细菌在其物质代谢过程中，除利用各种营养物质合成菌体和产生能量外，还可产生出多种代谢产物，其中有的对人和动物是有害的，有的可供鉴别细菌之用，有的可供制医药之用，现将有关的代谢产物分述如下。
（一）分解产物
1.糖分解产物 细菌分解糖类后，可以产生有机酸（主要为乳酸、醋酸、丙酮酸、酪酸等）、气体（主要为CO2、H2和沼气等）和醇类。
2.蛋白分解产物 细菌应用各种蛋白酶分解蛋白质，其最后产物包括有机酸、胺类、靛基质、硫化氢、硫醇、CO2和氢等。
（二）合成产物
这里所指的合成产物，是指菌体成分以外的其他合成物质。
1.毒素 病原性细菌可以合成各种有毒物质，称为毒素。毒素和细菌的致病作用有直接关系，它又分外毒素和内毒素两种。外毒素是蛋白质，内毒素则是糖、磷脂和蛋白质的复合物。
2.酶 细菌除合成其新陈代谢所必需的酶以外，还合成以下几种酶，这些酶在代谢过程中的作用尚不明了，但和细菌的致病性有一定关系。
①卵磷脂酶 此酶能分解细胞壁的卵磷脂，使细胞坏死或红细胞溶解，魏氏梭菌和水肿梭菌等含有此酶。
②胶原酶 此酶分解肌纤维的网状组织，使肌纤维发生崩解。杀鲑气单胞菌等含此酶。
③透明质酸酶 此酶分解组织细胞间结合物质（结缔组织）的透明质酸，因而可增加组织渗透性，便于细菌和毒素的扩散。
④凝血浆酶 能使人、兔及马的血浆凝固，葡萄球菌中的金黄色葡萄球菌含有此酶，但白色和柠檬色葡萄球菌则不含有此酶，人们通常将此酶视为葡萄球菌具有毒力的指标之一。
⑤溶纤维蛋白酶 使血清中的溶血浆素原活化，变为溶血浆素，因而使已经凝固的血浆或血块发生溶解。新分离的溶血性链球菌和葡萄球菌等含有此酶。
⑥溶血素 某些细菌产生一种能溶解动物红细胞的溶血毒素。溶血素也是一种酶类物质。如嗜水气单胞菌、杀鲑气单胞菌和鳗弧菌等均可产生溶血素。
另外有的细菌还能合成明胶溶解酶和凝乳酶，可引起明胶液化和牛乳凝固现象。这些现象往往可以作为鉴定细菌的参考。
3.抗生素. 许多细菌、放线菌、真菌可以合成抑制或杀灭其他种微生物或肿瘤细胞的物质，称此物质为抗生素。例如青霉菌产生的青霉素、灰色链丝菌产生的链霉素、委内瑞拉链丝菌产生的氯霉素和金色链丝菌产生的金霉素等等。
4.维生素 某些种细菌和酵母有合成维生素的能力。一般认为大肠杆菌所合成的维生素是动物所需维生素的重要来源。
5.热原质 许多细菌，特别是革兰氏阴性菌，能在水中发育产生一种使人或动物发生热反应的多糖物质，称为热原质。
这种物质很耐热，甚至高压蒸气灭菌15～20min也不能将它破坏，但可被活性炭吸附或石棉板滤除。因此普通蒸馏水若在蒸馏后保存不当，就可能含有热原质，若注射到动物体或人体内，能引起发热反应。在制造化学注射药液或生物制品时，需要保证没有热原质存在。
6.色素 某些细菌在适宜的条件下能产生色素。其中有些溶于水，可使菌落及培养基着色。如杀鲑气单胞菌的褐色色素。有些不溶于水，但溶于酒精。故只能使菌落本身着色，例如葡萄球菌、八联球菌的色素。色素对于细菌的鉴别有一定价值，例如葡萄球菌的分型，按照其所产生的色素是分型的依据之一。
