第一，科研不端/不当行为造成了学术资源和学术生命的极大浪费。学术不端意味着社会资源配置的扭曲和低效。为了争夺国家有限的学术资源，一些人受利益驱动，弄虚作假，骗取国家科研经费。有的学者利用自己的身份和地位，优先为自己安排科研经费和科研项目。有些早有定论并已有成果的科研问题，却还在反复立项研究、发表论文、申报成果。或是改头换面，向不同的部门申请立项。由于低水平重复，缺乏原创性研究，造成我国学术资源的极大浪费，致使学术研究的产出率低下。学术不端产生的结果必定是学术垃圾和学术泡沫。中国作为一个发展中国家，在知识进步方面的投入还远远不足，但学术不端行为却使这宝贵的社会资源白白浪费了。学术不端不仅是对社会有限资源的浪费，也是对学者学术生命的浪费，更何况有些人根本不去追求学术创新，而一味弄虚作假，剽窃抄袭，心甘情愿地浪费学术生命和学术资源，对国家、社会及其个人贻害无穷。
第二，科研不端/不当行为破坏正常的学术秩序，扼杀创新活力。创新是学术的生命，没有创新就没有真正的学术，学术不端则直接伤害学术自身的创新和发展。那些视学术为牟取科研经费和晋升职称的手段，通过粗制滥造、假冒伪劣、抄袭剽窃等方式来制造学术“成果”，从而使学术异化和腐化的行为，必定对我国科技创新能力产生毁灭性的影响。由于学术泡沫的“制造”成本远远低于学术精品的“生产”成本，使得学术不端的低风险、高收益可以严重腐蚀和瓦解学术队伍，消磨学术创新的动力。创新是社会发展和变革的先导，是一个国家、民族兴旺发达的不竭动力。真理和价值问题是任何知识和学问的内在要求，学者不论在纯粹经验的注释诠解层面，还是在创造性的理论创新层面，都不能回避自己的价值判断、责任立场和道德关怀问题。中国古代学者所追求的“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”则是判断知识分子责任和良知的行为标准。如果学者们热衷于学术不端行为而放弃学术创新，那将扼杀一个民族的创造性，摧残一个民族的自主创新能力，消解社会发展的动力。
第三，科研不端/不当行为违背科学精神，贻误人才培养。在建设创新型国家的过程中，青少年的诚信意识、诚信行为、诚信品格关系到和谐社会风气的形成，关系着中华民族的复兴和未来。对高等学校来讲，培养高素质人才是其根本任务。能否受到良好的学术训练将影响学生的成长及成才。“学高为师，身正为范”是对所有教师的要求，教师学术道德素质高低、学术行为是否规范，是影响学生学术道德素质高低的一个重要因素。教师如果自身学术道德素质不高、学术行为不轨，其“身教”将对学生造成严重的误导甚至摧残。学术共同体在具体履行教育职能的过程中出现不公正和不诚信现象潜移默化地对学生诚信品格的养成产生了严重的负面影响。
第四，科研不端/不当行为损毁学术界和知识分子的社会公信力。学术是系统的、专门的学问，学术研究则是在已有的理论、知识和经验的基础上，对未知科学问题的某种程度的揭示和发展，是衡量一个社会文明水准的重要尺度。在社会分工体系中，学术界的基本职能是传播、生产和创造新知识。正是基于此，学术界才被认为集中体现着整个社会的理性水平，代表着一个民族的理性精神。在现实生活中，如果社会和公众对学术界和学者产生信任危机，那就意味着整个社会和民族将无法从学术界分享理性工作的成果，社会就会丧失理性公信力，人们便不再能获得对自身的理性理解，而变得盲目和无所适从。
第五，科研不端/不当行为加剧社会腐败的蔓延。学术不端亵渎学术，败坏学风，其消极影响并不只限于学术范围之内。学术不端的病毒具有极强的渗透性、扩散性与放大效应，会通过学术界向社会生活的其他领域迅速传播和蔓延，污染社会风气，助长社会的不道德行为。在人们的心目中，学术界是社会的净土、社会的良知，背负着捍卫正义、输出先进理念、引领社会风尚、改善社会风气的重任。因此，人们将净化社会风气的希望往往寄托于神圣的学术殿堂。“铁肩担道义，妙手著文章”应该是学者们的座右铭。然而，学术不端的泛滥会成为败坏社会风气的污染源。
