商铺和住宅的契税的唯一区别在于税率。部分住宅存在契税优惠，比如90平及以下的只需1%的契税，而商铺一律需缴纳3%的契税。
普通商品房（住宅)：3%，首套房住宅：1.5%；90平米以下并且是首套房为1%。非普通住宅，140平米以上住宅、公寓、别墅、商业和办公等均为3%。商品房如果符合普通住宅的标准，是可以享受契税优惠政策的，但是商铺就没有这种权利。
契税除与其他税收有相同的性质和作用外,还具有其自身的特征：
1、征收契税的宗旨是为了保障不动产所有人的合法权益。通过征税,契税征收机关便以政府名义发给契证，作为合法的产权凭证，政府即承担保证产权的责任。因此，契税又带有规费性质,这是契税不同于其他税收的主要特点。
2、纳税人是产权承受人。当发生房屋买卖、典当、赠与或交换行为时，按转移变动的价值，对产权承受人课征一次性契税。
3、契税采用比例税率，即在房屋产权发生转移变动行为时，对纳税人依一定比例的税率课征。
扩展资料：
税收优惠
国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，免征契税。城镇职工按规定第一次购买公有住房，免征契税。
此外，财政部、国家税务总局规定：自2000年11月29日起，对各类公有制单位为解决职工住房而采取集资建房方式建成的普通住房，或由单位购买的普通商品住房，经当地县以上人民政府房改部门批准、按照国家房改政策出售给本单位职工的，如属职工首次购买住房，均可免征契税。
自2008年11月1日起对个人首次购买90平方米以下普通住房的，契税税率暂统一下调到1%。因不可抗力灭失住房而重新购买住房的，酌情减免。不可抗力是指自然灾害、战争等不能预见、不可避免，并不能克服的客观情况。
土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，重新承受土地、房屋权属的，由省级人民政府确定是否减免。承受荒山、荒沟、荒丘、荒滩土地使用权，并用于农、林、牧、渔业生产的，免征契税。
参考资料来源：百度百科-契税
