一、高素质的农业劳动力缺乏，难以满足现代农业发展的需求
我国农业劳动力主体的文化教育程度普遍较低，农村受过较高教育、年富力强的农村“精英”大多流出就业，留下从事农业生产的多为素质较为低下的妇女和老人，由于缺乏文化知识，阻碍了接受新事物、学习新技术的能力，“谷贱伤农”现象频频发生。也由于缺乏科技知识，也使一些高新技术成果难以推广和运用，难以实现生产过程机械化、生产技术科学化。低素质、低技能农业劳动力过剩，高素质、高技能劳动力短缺，农业向高端升级遭遇劳动力技能障碍。
二、农业产业化水平欠佳，难以强化现代农业发展的基础
我国总体上处于传统农业向现代农业过渡阶段，产业化进程缓慢，仍然没有跳出小规模、低水平、传统粗放生产方式，农业机械化作业水平低，生产效率低下。细碎化的土地小规模经营和兼业化的养殖方式，造成专业化和标准化程度低，农产品产量低、质量次，无法满足规模化农产品加工业对成片规划化种植和养殖基地的需求，许多加工企业要从众多分散种植的小农户手中收购农产品，大大增加了收购成本。
三、农产品质量不高，难以保障现代农业发展
我国正处于工业化和城镇化加速阶段，该阶段正是能源资源消耗、污染排放强度较大的时期，扭曲的市场机制拉动工业畸形增长。工业、城市用水急剧增加，与农业用水的矛盾越来越难以调和，由于缺乏严格的保护和治理措施，水质性污染导致水资源质量进一步下降。在这些因素共同影响下，我国可用水资源的供给更加匮乏。工业污染导致不少农产品原料质量偏低，达不到加工业对农产品质量要求，还有一些农业生产者受利益驱使，滥用化肥农药，导致农产品安全问题，加工品出口和国内市场销售受影响，进而影响现代农业发展进程。
四、综合服务体系不够健全，难以推进现代农业发展
农业社会服务体系是为农业生产提供的产前、产中、产后全程综合配套服务的专业组织，服务内容涉及销售、信息、科技、物资、加工、劳务、金融、经营决策、政策和法律服务等诸多方面。我国很多地区各类行业协会与专业合作组织发展不平衡，整体规模小、服务形式单一，如何推进现代农业发展的布局规划、项目可研、决策咨询及相关的农业担保、保险等系列服务还较欠缺。
