你拿出来的这句话太短了，所以不太好解释。估计原句应为：甲方尚未支付合同款不足乙方应留质保金金额时，甲方会采取某某措施来保证后续质量保证问题的解决。只能怪编写合同的那个人语言文字能力太差，把这句话说得让人看不明白了。
简单一句话就是：甲方的未付款达不到质保金额时，后面会怎么怎么样。一般是暂不支付，待未付款超过质保金后，才继续支付。
举个例子。甲乙双方约定按完成进度工作量的5%作为质保金。那乙方到某个月累计完成了600万，那么累计应扣质保金就为30万，即甲方理论上最多应暂时支付给乙方570万，这30万为质量保证金暂时放在甲方那里，等质量验收完成后才能支付给乙方。但在实际操作过程中可能会出现甲方累计支付给乙方的钱超过了570万，比如说实际支付了580万，那么甲方尚未支付合同款就只有20万了，达不到应从乙方那扣留的质保金额30万的要求了。
在正常情况下，甲方应在支付上进行控制，尽可能避免出现这种情况。
