日军从本国引来樱花树苗在武大校园栽植的时间，最早应是在1939年。一般认为，日军在此种植樱花的主要目的，是为了缓解住在这里休养的大批日本伤兵的思乡之情，同时，亦有炫耀武功和长期占领之意。因此，珞珈山的这第一批樱花，可以说是日本侵华的罪证，国耻的象征；同时也是今日武大樱花的缘起。
据当时留守校园的武大老一代园林工人回忆，日军当年在武大种下的日本樱花不超过30株，主要分布在今天的樱花大道上。抗战胜利后，武大于1946年10月复归珞珈山；1947年3月，武大生物系师生观察发现，校园里共有28株樱花树开花，它们均匀地分布在老斋舍三个拱门之间及其两侧的四个门栋前（每个门栋前各有7株）。
到了1949年初，有人建议将樱花树砍掉，而当时驻守武汉的国军将领张轸师长被中共地下党策反，于3月份投诚后表示，武汉大学是座宝库，里面的一草一木都要保留，于是樱花树得以保存。
1957年，武汉大学主管部门对这些樱树进行了更新。1973年，武大农场又从上海引进了一批山樱花，同时再次更新了已老化的樱树。由于樱花树的生命周期很短，一般只有二三十年，1939年由日本人种下的第一批日本樱花，50年代更新时已基本死绝。
因此，我们今天在武大樱花大道上所看到的日本樱花，已远非当年日军所留下的花种了，而多为原种的第二、第三代。近20年来，武大园林工人还不断对其进行补栽。
日本国的樱花再次来到武大珞珈山，已经是30多年以后的事情了。但这次已非国耻的印记，而是和平与友谊的象征。1972年，中日邦交正常化，日本首相田中角荣访华，向周恩来总理赠送了1000株大山樱，其中800多株留在了北京，种植在玉渊潭、植物园及陶然亭等京城几大公园里（虽然呵护有加，但绝大部分樱花还是死去了）。
100株植于周恩来曾居住过的南京梅园新村；由于周恩来也曾在武汉大学居住过，于是中央有关部门便将其中50株转赠给武汉大学，由园林部门栽植于半山庐前，1976年开花。
1983年1月15日，为纪念中日友好10周年，日本京都府日本友协和日本西阵织株式会社的迁先生向当时在京都大学学习的武汉大学生物系教师王明全赠送了100株垂枝樱苗，经王明全转赠给学校后，栽植于枫园三舍南侧公路边和樱园附近，1986年全部开花。
1992年，在纪念中日友好20周年之际，日本广岛中国株式会社内中国湖北朋友会砂田寿夫先生率团访问武汉大学，赠送樱花树苗200株，后栽植于八区苗圃。
