首先，要了解一下过滤系统，一般分为物理过滤、化学过滤、生化过滤和植物过滤。而根据不同的过滤体系需要设置不同规格大小的过滤仓，然后再放置各种材质的滤材。
第一步是物理过滤，就是通常所说的沉淀仓。一般设置时空间要足够的大，反正比其它几个仓要大，而且底部最好做成漏斗形的，有利于剩余饵料、排泄物及各种残渣的沉淀，可以在入水口设置带孔隙的挡板，减缓水流速度，以达到更好的沉淀效果。滤材的放置，可以放毛刷、纤维棉等，为了不堵塞棉，少清洗毛刷，可以在出水口套上丝袜来滤出悬浮物。
第二步是化学过滤，滤材主要是起吸附作用，吸附气味、颜色、腥味、余氯等等。滤材可以选择放置活性炭、吸氨石、沸石、清水树脂等化学性吸附滤材，注意的是，这些滤材在三个月内吸附效果比较好，一旦超出期限就起不到相应的作用了，所以要记得定期更换。
第三步是生化过滤，就是锦鲤鱼鱼缸或鱼池过滤系统设置过程中的生化仓。这一系统主要是为了培养硝化细菌，从而去除水中的有害物质，达到净化水质的作用。所以这时候滤材的选择一定要遵循附着面积越大越好，孔隙大小合适的原则，一是有利于硝化细菌更好地附着，二是促进水循环，增加氧气，因为这一过程是亚硝酸菌将有毒物质氨氧化成亚硝酸盐的过程，故氧气必需充足。滤材有生化棉、生化球等，要求生化棉孔径大小合适，而且是高强度高弹性高滤水率，生化球的数量要尽可能的放置多点。
除了生化棉、生化球等滤材外，生化仓还需要放置一些滤材。相对来说，生化仓放置的滤材要相对的多些。可以单独隔出一格放置瓷环等，瓷环要透气性好，表面越粗糙越好。这一阶段是硝酸菌将亚硝酸盐氧化成硝酸盐的过程。
第四步就是植物过滤，可以放置滤材磺化煤、水草砂以及纤维棉，器材可以放置一个潜水泵，便于将净化好的水质重新送回鱼缸或鱼池。磺化煤遇水膨胀体积变大，具有吸附和软化水质的功效，水草砂有利于植物在上面存活。
