明朝的新疆，实际上就是东察合台汗国的历史。
蒙古汗国时期，新疆大部分被察合台汗国统治，北疆被窝阔台汗国统治，东疆属于元朝。后来窝阔台汗国君主海都反抗元朝，被元朝击败后不久，窝阔台汗国灭亡，国土被元朝和察合台汗国瓜分。
元朝灭亡后，管辖东疆的元朝肃王兀纳失里投降明朝，明朝封其为忠顺王，在此地建设哈密卫。从此后兀纳失里的后裔均被封为忠顺王或者忠义王，并由明朝派来的汉人充当长史辅佐外加监视，这个半独立的附庸政权被称为哈密国。
北疆被蒙古瓦剌诸部渗透，日后他们会成为新疆的主人。但现在还不到时间。
这时候统治大部分新疆的是察合台汗国。
察合台汗国在元朝末年分裂，西部中亚地区被巴鲁剌思部，速勒都思部，札剌亦儿部，乃蛮部等原本是蒙古人的突厥化的部落掌控，察合台汗国由此分裂为中亚的西察合台汗国和南疆的东察合台汗国。而就在分裂的同一时期，东察合台的大汗也皈依了伊斯兰教，开始了东察合台蒙古贵族全盘伊斯兰化的进程，其大汗也开始采用了速檀（苏丹）称号。而东察合台汗国由于趁元朝灭亡之际，占据了元朝在西域的军事重镇别失八里城（北庭）并以此为国都之一，所以该国被明朝称为别失八里。
西察合台汗国不久之后就被出身巴鲁剌思氏的驸马帖木儿架空，帖木儿这个人大伙都知道，东征西讨牛逼哄哄，不久就让东察合台汗国臣服，并控制了伊尔汗国（波斯）的旧有领土，夺取了早已分裂的金帐汗国的大片领土，准备东征明朝，还没走出察合台汗国的疆域，他就过逝了。
帖木儿死后，生前统治的区域全盘分裂，继承领土最多的沙哈鲁也没有争霸世界的雄心，开始入贡明朝。东察合台汗国也摆脱了帖木儿帝国的附庸地位，开始恢复入贡明朝。后来又迁都亦力把里（伊犁），因为又被明朝换了称呼，从别失八里改成了亦力把里。
东察合台汗国此后又开始了发展，不但大力推行伊斯兰教，还开始向瓦剌部用兵，甚至夺取了中亚一些帖木儿后裔的领土，并开始武力征讨哈密国。东察合台的君主阿黑麻曾多次击败瓦剌人，为了吞并哈密国，阿黑麻迁都吐鲁番，这时候明朝又改他们的名字叫了土鲁番……后世也常将该国俗称吐鲁番汗国。
阿黑麻的儿子满速尔最终吞并了哈密国，因为我大明不割地不和亲不赔款当然也不会顾藩臣的死活。土鲁番吞并哈密国后，我大明就装没看见，只是封锁了商路。结果不但没让满速尔害怕，反倒让满速尔入侵明朝，导致明朝一度放弃了嘉峪关以西的所有领土。于是土鲁番开始在哈密国强行推行伊斯兰教。导致最后一批坚持不信伊斯兰教的畏兀儿人东逃明朝融入明朝境内的黄头回鹘（撒里维吾尔），和黄头回鹘最终形成了裕固族。
这时候阿黑麻还有一个儿子叫赛德，赛德年轻时非常苦逼，有多次出征被俘的记录。哥哥满速尔当权后也非常不待见这个无能的弟弟，不但剥夺了他的兵权，还要谋害赛德。赛德实在走投无路了，一度想跟着某个和卓当戈伊斯兰教的托钵僧了此残生，可最后他还是怀着最后一线希望就投靠了帖木儿的直系后裔，他表哥巴布尔。
等赛德投靠巴布尔的时候，巴布尔已经四面楚歌，穷的只剩一条裤衩了。
帖木儿的子孙，一个比一个文艺，一个比一个热爱科技，都是李煜。所以原先的帖木儿帝国此时已经沦为锡尔河附近的村长。巴布尔即位的时候，这个曾经能称霸世界的帝国已经跟村长差不多了。
中亚兴起了一个叫布哈拉的突厥王朝，布哈拉大军压境，要求帖木儿的子孙滚粗。
巴布尔知道自己手里的兵力根本无法和布哈拉汗国抗衡，和同样交华盖运的赛德抱在一起失声痛哭。时间也不容许这一堆难表兄难表弟再谋划了，于是巴布尔破罐子破摔，把自己仅有的几千残兵败将分成两队，一队跟着自己，一队借给赛德。
“表弟，我看反正我俩都没活路了。我带着这一队南下去印度找出路，你带着这一队回去投靠你亲哥吧。”
巴布尔说完，就垂头丧气地带着残兵败将南下了。
赛德哭完，也带着残兵东归了。
赛德知道亲哥不如表哥好，回去肯定是死，该肿么办……
结果天赐良机，他哥哥在喀什的封臣阿布·巴克尔叛乱了，于是赛德对他表哥送他的残兵败将做了重要讲话，说你们都是丧家之犬了，跟我去，眼前就有一座城池，只要你们牛逼，拿下来就是你们的，因为我是阿黑麻的儿子，对这座城是有权继承的。于是率军袭击喀什。
可谓是哀兵必胜，果然赛德很快就占领了喀什，并不断向亲哥进攻，居然一改年轻时只会被俘的衰运，屡战屡胜，建立了叶尔羌汗国。传了几代之后，吐鲁番汗国在瓦剌蒙古和叶尔羌汗国的夹击之下亡国。
而早已丧失斗志南下谋出路的巴布尔，最后也居然征服印度，建立了莫卧儿帝国……
这一对表兄弟……
真是让人大跌眼镜。
在差不多同时期，分裂出金帐汗国系统的哈萨克汗国也建立了，盘踞在哈萨克斯坦，占据了北疆些许领土。
赛德由于早年命运多舛，所以十二分虔诚地笃信伊斯兰教，尤其是信仰黑山派的和卓。黑山派的和卓非常得势，就不断打压白山派。
叶尔羌汗国后期，白山派的著名和卓阿帕克和卓被笃信黑山派的叶尔羌汗国君主驱逐出国。阿帕克和卓非常生气，后果很严重。他周游列国，四处寻找政治盟友来颠覆叶尔羌汗国。
最后阿帕克和卓找到了一个非常奇葩的盟友……
真的很奇葩。
因为一般人根本想不到这样的盟友。
居然是五世达赖喇嘛……
伊斯兰教的宗派首领居然请藏传佛教首领出兵，讨伐伊斯兰教的国家……
你看这事算啥……
五世达赖自己并没有强大的力量，但他有不少施主。众所周知，自从蒙古的俺答用武力传播黄教，导致蒙古各部包括瓦剌人都信仰了黄教，几乎所有的蒙古人都是黄教教主达赖的施主。而达赖也非常聪明，看到蒙古准格尔汗国大汗葛尔丹非常强盛，正在图谋吞并叶尔羌汗国。
此时原本是瓦剌四部之一的绰罗斯部已经在瓦剌崛起，统一瓦剌诸部，建立了准噶尔汗国，并将哈萨克汗国击败使之臣服，隐隐然有蒙古复兴的迹象。而中国已经进入了清朝。
于是信奉黄教的葛尔丹和伊斯兰教的宗派首领阿帕克和卓两人手拉着手，开始谋划征讨叶尔羌汗国的事宜……
新疆从此被准格尔汗国统治，一直到被清朝消灭。
蒙古初时受到金朝统治,但随着金朝的衰落,在13世纪初,蒙古人的领袖成吉思汗铁木真统一了这一地区的所有蒙古各部,建立了大蒙古国.后来忽必烈与阿里不哥争夺汗位导致帝国分裂,忽必烈统治的范围包括这一地区、现中国领土的大部分以及周边某些地区,辖境改称元朝.元朝时蒙古地区全部纳入中国版图.明朝始终无力收复蒙古地区.明朝时期在中国的蒙古人大多退回塞外,主要生活在这一地区,直至清朝覆灭.元朝时蒙古地区和今西伯利亚大部都属于中国版图. 1660年外蒙古库伦活佛（喇嘛教,与清王朝信仰相同）作出了影响后世数百甚至数千年的决定,归附中国,而不是向沙皇俄罗斯投降. 满清时,蒙古地区再次纳入中国版图,除了贝加尔湖东部和南部的现在的布里亚特共和国、赤塔州等约70多万土地在1689年尼布楚条约中割让给俄罗斯外,其余蒙古地区都是中国领土.内外蒙古被统称为塞北.今蒙古国（外蒙古）清朝称喀尔喀蒙古,或漠北蒙古,并设有乌里雅苏台将军管辖.今内蒙古之南部地区并入内地省份,其馀部份清朝留为「盟」、「旗」,皆未建省. 外蒙古的分裂,只是本世纪初的事. 外蒙古独立是指外蒙古于20世纪初期从中国独立出去的一直影响到现在中国的巨大历史事件,是中国历史上最黑暗的时代之一. 如果没有外来势力的干涉,没有贪婪的西方列强瓜分中国、建立各自势力范围的罪恶活动,那么外蒙古永远不会分离出去,即使有短暂的分离也会重新统一.
