1. 《晚清学堂学生与社会变迁》，台湾：稻禾出版社，1991年；上海：学林出版社，1995年；桂林：广西师范大学出版社，2007年3月。2. 《清末新知识界的社团与活动》，北京：生活·读书·新知三联书店，1995年。3. 《国学与汉学——近代中外学界交往录》，杭州：浙江人民出版社，1999年；北京：中国人民大学出版社，2010年3月。4. 《孙中山的活动与思想》，广州：中山大学出版社，2001年10月。5. 《晚清民国的国学研究》，上海：上海古籍出版社，2001年。6. 《庚子勤王与晚清政局》，北京：北京大学出版社，2004年。7. 《晚清民国的学人与学术》，北京：中华书局，2008年3月。
8.《治学的门径与取法——晚清民国研究的史料与史学》，北京：社会科学文献出版社，2014年5月。 1. 《孙中山与留日学生及同盟会的成立》，《中山大学学报》（文科版），1982年第4期。2. 《同盟会成立前孙中山与国内知识界》，中山大学学报编辑部编：《孙中山研究论丛》第一集，1983年。3. 《军国民教育会若干问题的探讨》，中山大学历史系、中山大学学报编辑部编：《孙中山研究论丛》第二集，1984年。4. 《孙中山生平活动史实补正（1895—1905）——〈孙中山年谱长编〉编辑札记》，中山大学学报编辑部编：《孙中山研究论丛》第四集，1986年。. 《留日学生发端与甲午战争后的中日关系》，《华中师范学院学报》1986年第4期。6. 《也谈同盟会的成立——与何泽福同志商榷》，《近代史研究》1987年第1期。7. 《信仰的理想主义与策略的实用主义—论孙中山的政治性格特征》，《近代史研究》1987年第3期。8. 《论中国教育会》，中山大学学报编辑部编：《孙中山研究论丛》第五集，1987年。9. 《辛亥时期的学生与国民会——兼论学生与革命党人的关系》，中山大学编辑部编：《孙中山研究论丛》第六集，1988年。10. 《1905—1912年的国内学生群体与中国近代化》，《近代史研究》1989年第5期。11. 《清末兴学热潮与社会变迁》，《历史研究》1989年第6期。12. 《试论孙中山的国际观与亚洲观》，中山大学学报编辑部编：《孙中央研究论丛》第七集，1990年。13. 《论清末城镇社会结构的变化与商民罢市》，《近代史研究》1990年第5期。14. 《从文明抵制到程序革命——辛亥时期国内学生由爱国走向革命的历程》，中山大学学报编辑部编：《孙中山研究》第八集，1991年。15. 《清末民初传播业的民间化与社会变迁》，《近代史研究》1991年第6期。16. 《保皇会暗杀活动试探》，《中山大学史学辑刊》第1辑，广东人民出版社，1992年。17. 《民间からみた中国文化と历史研究の盲点·误区》，收入沟口雄三等编著：《汉字文化圈的历史与未来》，东京大修馆书店，1992年。18. 《戴季陶文集の编集状况について》，《近きに在りて》第22号，东京汲古书院，1992年11月。19. 《庚子保皇会的勤王谋略及其失败》，《历史研究》1993年第1期。20. 《孙中山の国际观およびアジア观试论》，日本孙文研究会编：《孙文与アジア—1990年8月国际学术讨论会报告集》[孙中山纪念会研究丛书Ⅱ]，东京汲古书院1993年。21. 《孙中山と庚子勤王运动》，日本孙文研究会编：《孙文研究》第15辑，1993年。22. 《试论孙中山的亚洲观与国际观》，《孙中山与亚洲国际学术讨论会论文集》，1994年。23. 《1890—1930年代日本在华大众传播业》，山田辰雄编：《日中关系的150年—相互依存、竞存、敌对》，东京东方书店，1994年。24. 《20世纪初国内新知识界社团概论》，《近代史研究》1994年第5期。25. 《有用与无用》，《学术研究》1994年第5期。26. 《永恒与真理——历史和史学脉络中的探求》，《中国书评》（香港），1995年1月，总第3期。27. 《孙中山与传统文化三题》，《近代史研究》1995年第3期。28. 《辛亥时期戴季陶的对日观》，《中山大学史学集刊》第3辑，广东人民出版社，1995年。29. 《孙中山与近代中国第二次国际学术研讨会综述》，《近代中国史研究通讯》(台湾)第19期 1995年。30. 《“孙中山与近代中国”第二次国际学术研讨会综述》，《近代史研究》1995年第1期。31. 《近代中国女性史研究散论》，《近代史研究》1996年第3期。32. 《同盟会成立时孙中山的政治形象》，《辛亥革命史研究动态》1996年第4期。33. 《晚清民国时期的国学研究与西学》，《历史研究》1996年第5期。34. 《甲午战后台湾内渡官绅与庚子勤王运动》，《历史研究》1995年第6期。35. 《新加坡华侨与庚子勤王运动》，《孙中山研究论丛》第13集，广州：中山大学出版社，1996年。36. 《论庚子中国议会》，《近代史研究》1997年第2期。37. 《新加坡华侨与康梁的保皇运动及孙中山先生的革命运动》，张希哲、陈三井主编：《华侨与孙中山先生领导的国民革命学术研讨会论文集》，台北国史馆1997年。38. 《伯希和与近代中国学术界》，《历史研究》，1997年第5期。39. 《胡适与〈水经注〉案探源》，《近代史研究》1997年第5期。40. 《从葛兰言到费正清——本世纪国际汉学的四裔偏向与本部回应》，《东亚史研究》（韩国）1998年第4期。41. 《陈寅恪与清华研究院》，《历史研究》1998年第4期。42. The Study of Traditional Chinese Learning and Western Learning in the Qing Dynasty and Republic of China Period , Social Sciences in China , Winter 1998 .43. 《梁启超的国学研究与日本》，《美国加州大学（圣巴巴拉）梁启超国际研讨会论文集》，1998年。44. 《黄金十年与新政革命——评介〈中国，1898—1912：新政革命与日本〉》，《燕京学报》1998年第4期。45. 《日本在中国接受西方近代思想中的作用——梁启超个案国际研讨会述评》，《历史研究》1999年第1期。46. 《胡适与国际汉学界》，《近代史研究》1999年第1期。47. Paul Pelliot and Modern Chinese Academic Circles , Social Sciences in China , Spring 1999 . 48. 《近代中国学术的地缘与流派》，《历史研究》1999年第3期；《新华文摘》1999年第11期。49. 《五四新文化运动的国际反响》，《五四运动八十周年学术研讨会论文集》，台湾政治大学出版社，1999年。亦编入郝斌、欧阳哲生主编：《五四运动与二十世纪的中国：北京大学纪念五四运动80周年国际学术研讨会论文集》（社会科学文献出版社，2001年）。50. 《同盟会成立时孙中山的政治形象》，《孙中山与中国近代化》，1999年。51. 《近代日本留华学生》，《近代史研究》1999年第3期。52. 《陈季同述论》，《近代史研究》1999年第4期。53. 《陈垣与国际汉学界——以与伯希和的交往为中心》，《励耘学术承习录》，北京：北京师范大学出版社，2000年。54. 《陈寅恪与中国近代史研究》，《陈寅恪与20世纪中国学术》，淅江人民出版社，2000年。55. 《陈寅恪与中国近代史研究》，《中华文史论丛》第62辑，上海古籍出版社，2000年。56. 《纪念陈寅恪教授国际学术研讨会述评》，《历史研究》2000年第2期。57. 《东方考古学协会述论》，《历史研究》2000年第5期。58. 《厦门大学国学院风波——鲁迅与现代评论的冲突的余波》，《近代史研究》2000年第5期。59. 《胡适与孙中山——以新文化运动与国民革命关系为中心》，《国父纪念馆馆刊》2000年第6期。60. 《先锋与本体的冲突—壬寅浔溪公学第二次风潮述论》，《中华文史论丛》2001年第3辑。61. 《近代学术转承——从国学到东方学》，《历史研究》2001第3期。62. 《陈炯明事件前后的孙中山与胡适》，《近代史研究》2001年第3期。63. 《教学需求与学风转变——近代大学史学教育的社会科学化》，《中国社会科学》2001年第4期。64. 《庚子勤王前后的岑春煊与保皇会》，《近代史研究》2001年第6期。65. 《日本东亚同文会广东支部》，《中山大学学报》（社会科学版），2002年第1期。66. 《保皇会的宗旨歧变与组织离合》，《近代史研究》2002年第3期。67. 《章太炎晚年北游讲学的文化象征》，《历史研究》2002年第4期。68. 《梁启超的东学、西学与新学——评狭间直树〈梁启超·明治日本·西方〉》，《历史研究》2002年第6期。69. 《近代中外比较研究史管窥——陈寅恪〈与刘叔雅论国文试题书〉解析》，《中国社会科学》2003年第1期。70. 《世界主义与民族主义——孙中山对新文化派的回应》，《近代史研究》2003年第2期。71. 《横看成岭侧成峰：学术视差与胡适的学术地位》，《历史研究》，2003年第5期。72. 《保皇会港澳总局与勤子运动》，《近代史研究》2003年第5期。73. 《忆胜粦师》，中山大学历史系编、孙中山研究所编：《陈胜教授纪念集》（内部发行），2004年。74. 《盗匪与庚子勤王运动——南海西樵巨盗区新》，《中国社会历史评论》2004年第2辑。75. 《万变不离其宗》，《理论与方法：历史学与社会科学的关系及其他》笔谈，《历史研究》2004年第4期。76. 《拒俄运动与中等社会的自觉》，《近代史研究》2004年第4期。77. 《二十世纪上半期的中国史学会》，《历史研究》2004年第5期。78. 《晚清民国的知识与制度体系转型》，《中山大学学报》（社会科学版）2004年第6期。此文是“近代中国的知识与制度体系转型”丛书的解说。79. 《从眼光向下回到历史现场——社会学人类学对近代中国史学的影响》，《中国社会科学》2005年第1期。80. Chinese History Societies in the First Half of the 20th Century , Social Sciences in China , Spring 2005 .81. 《晚清民国的知识与制度体系转型》，《中国社会科学文摘》2005年第1期。82. 《中国高校哲学社会科学年度报告·历史学》，高等教育出版社，2005年12月。83. 《中国思想学术史上的道统与派分》，《中国社会科学》2006年第3期。84. 《兴亚会与戊戌庚子间的中日民间结盟》，《近代史研究》2006年第3期。85. 《天地人生大舞台——京剧名伶田际云与清季的维新革命》，《学术月刊》2006年5月号。86. 《傅斯年与抗战时期的中国史学会》，收入《傅斯年与中国文化》，天津古籍出版社，2006年3月。87. 《排日移民法案与孙中山的大亚洲主义演讲》，《中山大学学报》（哲社版）2006年第6期。88. 《抗战时期国民党对北平文教界的组织活动》，《中国文化》第24期，2007年春季号。89. 《盖棺论定“论”难定：张之洞之死的舆论反应》，《学术月刊》2007年8月。90. 《傅斯年“史学只是史料学”再析》，《近代史研究》2007年第5期。91. 《以通史的眼光撰写和阅读近代史》，《近代史研究》2007年第5期。92. 《〈近代中国学术思想史〉解说》与《〈近代中国学术批评文选〉解说》，《史学月刊》2007年第10期。93. 《近代中国的新史学及其流变》，《史学月刊》2007年第11期。94. 《学人寄语》，《中国文化》第25、26期合刊，2007年秋季号。95. 《盲人摸象与成竹在胸：分科治学下学术的细碎化与整体性》，《文史哲》2008年第1期。96. 《1948年中山大学易长与国民党的派系之争》，《学术研究》2008年第1期。97. 《理解本意 寻绎演化——本期专栏导言》，《中山大学学报》（社会科学版）2008年第3期。98. 《晚近史的史料边际与史学的整体性——兼论相关史料的编辑出版》，《历史研究》2008年第4期。99. 《“了解之同情”与陈寅恪的治学方法》，《社会科学战线》2008年第期。100. 《金毓黻与南北学风》，《近代史研究》2008年第5期。101. 《抗战时期国民党策划的学人办报》，李金铨主编：《文人论政：知识分子与报刊》，广西师范大学出版社2008年。102. 《近代中国国字号事物的命运——本期专栏解说》，《中山大学学报》（社会科学版）2009年第1期，第一作者。103. 《求其是与求其古：傅斯年〈性命古训辨证〉的启示》，《中国文化》2009年春季号（第29期）。104. 《问题与主义——本期栏目解说》，《中山大学学报》（社会科学版）2009年第5期。105. The boundary of source materials for recent Chinese history and the integrity of historiography: With reference to the compilation and publication, Frontiers of History in Chinese, Voume 4 Number 4 December 2009.106. 《解释一词即是作一部文化史——本期栏目解说》，《学术研究》2009年第12期。107. 《近代の日本人中国留学生》，大里浩秋，孙安石 编著：《留学生派遣から见た近代日中関系史》上制，御茶の水书房2009年3月。108. 《近代中国研究の史料と史学》，饭岛涉、久保亨、村田雄二郎编：《シリーズ20世纪中国史4·现代中国と历史学》，东京大学出版会2009年10月。109. 《大学与近代中国》，《中山大学学报》（社会科学版）2010年第1期。110. 《南浔·湖社与国民党——南浔与近代中国之二》，（日本）《东方学报》第85册（2010年3月）。111. 《中国近现代史的贯通与滞碍》，《近代史研究》2010年第2期。112. 《分科的学史与分科的历史》，《中山大学学报》（社会科学版）2010年第4期。113. 《近代广东学术因缘》，《学术研究》2010年第7期。114. 《文与言的分与合——重估五四时期的白话文》，《社会科学战线》2010年第10期。115. 《近代“中国哲学”发源》，《学术研究》2010年第11期。116. 《近代学术的清学纠结》，《中山大学学报》（社会科学版）2010年第6期。117. 《民初“自由”报刊的自由观》，《近代史研究》2010年第6期。118. 《国民党在大学校园的派系争斗》，《史学月刊》2010年第12期。119. 《比较与比附——法制史研究的取径》，《中山大学学报（社会科学版）》2011年第2期。120. 《辛亥革命的再认识》，《中华文史论丛》2011年第3期。121. 《华洋变形的不同世界》，《学术研究》2011年第3期。122. 《中西文化关系的隐与显》，《广东社会科学》2011年第4期。123. 《辛亥革命研究的整体性》，《中山大学学报（社会科学版）》2011年第5期。124. 《民国学人宋代研究的取向及纠结》，《近代史研究》2011年第6期。125. 《康有为的不变与梁启超的善变——史料解读与史事探究》，《学术研究》2011年第11期。126. 《陈寅恪的西学》，《文史哲》2011年第1期。127. 《走进新时代：进入民国之共和元年——日记所见亲历者的心路历程》，《华中师范大学（人文社会科学版）》2012年第1期。128. 《科举、学校到学堂与中西学之争》，《学术研究》2012年第3期。129. 《清季变政与日本》，《江汉论坛》2012年第5期。
