一、开始降解的端向不同
3‘5’核酸外切酶从3‘端开侍备始降解DNA，而5’3‘核酸外切酶从5’端降解DNA。
二、水解磷酸二酯键生成的酶种类不同
水解磷酸二酯键的3′端生成5′-单核苷酸的酶，有蛇毒磷酸二酯酶及大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ等； 水解5′端生成3′-单核苷酸的酶有脾脏磷酸二酯酶、嗜酸乳杆菌（Lac-tobacillus acidophilus）核酸酶。
三、反应的方蚂谈并向不同
一般的是水解出3'游离羟基和5'游离磷酸基团，水作为亲核试剂对5'侧的磷原子进行亲和加成，形成不稳定中间体后 3'侧的羟基发生消除反应和一般的酯类水解类似，不过是在酶的催化作用下完成的一般的水解酶中有Ser或者Tyr等含有羟基的活性位点，可以在代替水进行亲和进攻 。
扩展资料
单链：单链的核酸外闷迹切酶包括大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ（exoⅠ）和核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）。核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）能够从5′-末端或3′-末端呈单链状态的DNA分子上降解DNA，产生出寡核苷酸短片段，而且是唯一不需要Mg2+离子的活性酶，是一种耐受性很强的核酸酶。
双链：双链的核酸外切酶包括大肠杆菌核酸外切酶Ⅲ（exoⅢ）、λ噬菌体核酸外切酶（λexo）以及T7噬菌体基因6核酸外切酶等。大肠杆菌核酸外切酶Ⅲ（exo Ⅲ）具有多种催化功能，可以降解双链DNA分子中的许多类型的磷酸二酯键。
参考资料
