2004年7月4日美国国庆日，世贸大厦重建工作正式开始。然而到了2005年，负责纽约世界贸易中心遗址重建工作的曼哈顿下城发展公司在6月29日又重新公布了经过修改的自由塔设计方案。根据新的方案，自由塔的基座将由原来的平行四边形改为正方形，与交通主干道的距离也由25英尺(7.6米)增加到90英尺(27.4米)。为更好地防止汽车炸弹的袭击，大楼的承重墙也将用可抗击爆炸的钢板来加固。新方案还改变了自由塔原方案中不对称的螺旋状尖顶设计。
此次修改是根据纽约警方反恐专家不久前提出的建议进行的。专家们认为原设计方案很容易受到炸弹的袭击，其承重墙的强度也不够，并提出了修改建议。而工程计划将推迟到明年开工，2010年竣工
