1、在全球中低纬度高原冻土区发现天然气水合物
项目组在祁连山冻土区相继组织实施了3口科学钻探井，均成功钻获天然气水合物实物样品，同时在天然气水合物调查技术和配套装备研发等技术攻关方面也取得重要进展。
2、在大巴山地区建立陆内薄皮造山模式
提出大巴山油气勘察突破的新思路，项目成果被专家委员会认为是一项深部和浅部、地质与地球物理相结合的优秀研究成果，对该类研究具有示范作用。
3、在热河生物群研究领域再获重大进展
2009年新发现的早白垩世哺乳动物亚洲毛兽，揭示了哺乳动物耳区演化过程，相关研究成果发表于国际顶级刊物《科学》杂志。
4、发现并成功分离出湖泊中长链烯酮母源等鞭金藻
进行单藻种控温培养，建立了长链烯酮不饱和度与水温关系方程，表明长链烯酮是可靠的陆地温标，在国际SCI检索期刊发表论文7篇，引起广泛关注。
5、通过华北平原区域水资源特征与作物适应性研究
首次查明区域水资源变化与作物布局的区位关系，为从根本上缓解华北平原地下水超采问题提供了科学依据。
参考资料来源：科学网-中国地质科学院盘点2009年度十大科技成果
