2006年机关事业单位工资收入分配制度改革以来，机关事业单位执行不同的工资制度。公务员实行国家统一的职务与级别相结合的工资制度，包括基本工资、津贴、补贴和奖金，其中基本工资由职务工资和级别工资构成，执行国家统一政策和标准。津贴补贴包括艰苦边远地区津贴和特殊岗位津贴，其发放范围、标准和发放办法由国家统一管理和制定。
事业单位工作人员执行岗位绩效工资制，包括基本工资、绩效工资。其中基本工资由岗位工资和薪级工资构成，执行国家统一政策和标准。绩效工资由基础性绩效和奖励性绩效构成，由同级政府人力资源社会保障和财政部门确定水平。基础性绩效工资一般按月发放，奖励性绩效工资主要体现事业单位的公益目标完成情况、工作人员的工作量和实际贡献等因素，在核定的绩效工资总量内根据单位的内部考核办法，由单位自主分配。
因此，公务员和事业单位工作人员的工资构成项目、标准等方面因工资制度不同确实存在差异。
近年来，国家不断改革完善机关事业单位收入分配政策，按照分类指导、统筹兼顾、大体相当的原则，在强调机关与事业单位收入分配制度存在差异的同时，基本保持机关事业单位待遇水平相衔接。由于事业单位的行业类型、生产经营状况存在较大差异，部分事业单位的工资水平远高于公务员，从总体水平看，机关和事业单位收入水平大体相当。
