1、职工内心不平衡问题。事业单位，其工作的稳定程度远远大于企业。由于大多数经营性事业单位不以效益论薪酬，参照全额事业单位工资和福利待遇标准发放报酬，从而在给职工以更大的事业单位优越感。而且今后还要面临更为激烈的市场竞争，职工从心理上很难接受。
2、盈利能力问题。事业单位从成立初期就是各单位根据行政管理的需要而设立的，对于经营性事业单位来说，经营范围或管理项目比较单一，从事的服务对象很明确，协调机制也主要是在政府范围内形成，规模小、产品技术含量不高、附加值较低等劣势凸显。一旦失去公共资源的支撑，行业内的竞争将会使其风险加大，经营成本也会增加，市场所带来的风险特别是全行业的风险有可能会使其一跃不振。
3、职工利益保障问题。在事业单位改革之前，大多数经营性事业单位都是依据行政事业单位的工资标准发放职工工资和福利，一旦转为企业，即使转企后可以独立经营，一旦公共资源的利用渠道隔断，还有多少可以在市场中生存?这些都会影响到转企后职工的未来利益。
经营性事业单位退休职工大多是按照企业标准退休的，这些单位为退休职工根据事业退休工资标准给以补差，甚至有的还享有事业单位退休职工的各项福利待遇，转企后这些利益如何保障？这些问题的解决都会影响转企改革的实施。
恰好朋友单位最近也在转制，就了解比较一点。如果要专业的解答建议寻求咨询公司的帮助，像中大咨询好像就有这方面的业务。
