1、背景不同
资本主义萌芽产生于明朝中后期，处于封建社会内部，由于社会分工扩大，使各自的生产品成为商品，而扩大着交换的范围。民营手工业作坊增多，市场比较繁荣，白银流通和货币关系也得到发展。这些都说明是商品经济发展的必然结果。
而民族资本主义产生于半殖民地半封建社会内部，是在外商企业的刺激，洋务运动的诱导，外国资本主义的侵入,加速了自然经济解体的前提下，直接从外国输入机器、技术创办起来的。
2、生产方式不同
资本主义萌芽处于状态，采用手工操作；而民族资本主义处于机器大生产时期，采用机器生产。
3、规模和分布不同
资本主义萌芽一般规模小，主要集中在江南的个别地区、个别行业、个别部门；而民族资本主义通常规模较大，分布于沿江和沿海地区。
4、管理者不同
资本主义萌芽时期，手工工场的管理者是富裕起来的手工作坊主，即“出资”的机户；而民族资本主义企业的管理者是一些官僚、地主和商人转化的民族资产阶级。
5、劳动者不同
资本主义萌芽时期的劳动者是早期的工人，即掌握熟练技术的“出力”的机工；而民族资本主义企业的劳动者是工业无产阶级，即来自破产的农民。
6、发展面临的问题不同
资本主义萌芽的发展主要障碍是腐朽落后的封建制度和自然经济。而民族资本主义“先天”资金短缺、市场狭窄、技术力量薄弱、劳动力素质低，“后天”又遭到外国资本主义与本国封建主义的双重压迫。
7、所表现的特点不同
资本主义萌芽只是处于工场手工业时期，且发展缓慢；而民族资本主义得到了几次发展的机会，并出现了短暂的春天。
8、影响不同
资本主义萌芽的出现，表明在封建社会内部已经产生了一种新的社会生产关系，是封建制度衰落的标志和具体体现之一。
而民族资本主义的产生和发展，使中国的经济结构和阶级结构发生了变化。推动了中国近代化的进程和社会经济的发展，为中国革命的发展和转变提供了物质条件，也为西方资本主义思想文化的传播提供了社会基础。
参考资料来源：百度百科-中国资本主义萌芽
参考资料来源：百度百科-中国民族资本主义
