1937年8月20日，军事委员会颁布战区及战斗序列，成立五个战区：
第一战区为河北及鲁北地区，司令长官由蒋介石兼，下辖第一、二、十四集团军；
第二战区为晋察绥地区，司令长官为阎锡山，下辖第六、七、十八集团军（八路军）；
第三战区为京沪杭地区，司令长官为冯玉祥（后改由蒋介石兼），下辖第八、九、十、十五、十九集团军；
第四战区为闽粤地区，司令长官为何应钦，下辖第四、十二集团军；
第五战区为鲁南及苏北地区，司令长官由蒋介石兼（后改为李宗仁），下辖第三、五集团军；
另将西南各省部队编为一、二、三、四四个预备军，随时听候调遣。
1937年9月17日，军事委员会划津浦路北段为第六战区，以冯玉祥为司令长官。
1937年10月26日，增设第七战区，以刘湘为司令长官，下辖第八、十五、二十三集团军，在长江下游沿岸布防。
1938年2月，军事委员会重新划分战区。
第一战区，司令长官为程潜，在平汉路作战；
第二战区，司令长官为阎锡山，在山西作战；
第三战区，司令长官为顾祝同，在苏浙作战；
第四战区，司令长官为何应钦，在粤桂作战；
第五战区，司令长官为李宗仁，在津浦路作战；
第六、第七战区撤销，增设第八战区，司令长官由蒋介石兼，守备甘宁青地区。
1938年6月14日，增设第九战区，以陈诚为司令长官，组织武汉保卫战。
1938年11月军令部在南岳召集军事会议。会议决定撤销广州、重庆、西安行营，增设直属于军事委员会的战地党政委员会，并根据战局变化对战区进行了调整。
第一战区，辖河南及安徽一部，司令长官为卫立煌（1947年3月改编为西安绥靖公署）；
第二战区，辖山西及陕西一部，司令长官为阎锡山（1948年改制为太原绥靖公署）；
第三战区，辖苏南、皖南及浙闽两省，司令长官为顾祝同；
第四战区，辖广东、广西两省，司令长官为张发奎；
第五战区，辖皖西、鄂北及豫南，司令长官为李宗仁；
第八战区，辖甘宁青及绥远一部，司令长官为朱绍良（后改制为西北军政长官公署）；
第九战区，辖鄂南及湘赣两省，司令长官为陈诚（由薛岳代理）；
第十战区，辖陕西省，司令长官为蒋鼎文；
另设鲁苏战区、冀察战区两个游击战区，分别以于学忠、鹿钟麟为总司令。
因南北战区相距数千里，难于统一指挥，1938年12月，军事委员会设立桂林行营、天水行营，分任西南、西北各战区的作战指挥。
