内蒙古民族大学附属医院的神经外科学、蒙医血液肿瘤学、蒙医心血管内科学等3个学科为自治区领先学科，蒙医脑病学、蒙医骨伤学等2个学科为自治区重点学科，蒙药药理实验室为自治区重点实验室，神经外科学、蒙医疗术学为通辽市领先学科，医学影像科、妇产科、心血管内科、麻醉科、中医科、蒙医血液科、蒙医脑病科等7个学科为通辽市重点学科。同时拥有一级临床硕士点1个，内蒙古民族大学蒙药临床药理、蒙医血液病、脑病、肝病、神经外科、蒙西医结合药物、神经内科等7个医学研究所。设冠心病、紫癜病、风湿病、偏瘫病、肝病、肾病、萨病、糖尿病、传统整骨、腰椎间盘突出症等35个专病特色门诊。
