医学院现有2个附属医院：内蒙古民族大学附属第一、第二医院；10个教学医院：大连友谊医院、通辽市医院、通辽市铁路医院、通辽市科尔沁区第一人民医院、呼伦贝尔市人民医院、兴安盟人民医院、乌兰浩特市人民医院、赤峰市第二人民医院、通辽市传染病医院、通辽市神经精神病医院；11个实习医院：中国医科大学第一、第二临床学院、北京航天中心医院、北京航天海鹰中心医院、北京大学首钢医院、北京地坛医院、北京平安医院、北京房山区医院、天津武警医学院附属医院、天津海河医院、吉林大学第二临床医学院，为提高实践教学质量提供了可靠保证。
