该剧为林峯在TVB的最后一部作品，也是佘诗曼离开TVB两年后回归的首部作品，两人均是首次出演卧底。 林峯选择《使徒行者》作为自己的“告别之作”有“人情分”：一是有档期，二是与监制文伟鸿从《寻秦记》时就开始合作，是认识了十多年的老朋友 。 剧中爆Seed80%的动作戏由林峯亲自上阵。在拍摄25集爆Seed目睹钉姐三个妈妈被杀场面时，林峯与吕珊等人是分开拍摄的，从头到尾靠想象演戏，却一take过 。 第10集爆Seed为救钉姐试毒命危，钉姐帮忙施救的戏份拍摄了整整一个晚上，佘诗曼因太投入而导致旧患复发。 在拍摄钉姐养母去世的戏时，林峯与佘诗曼在拍摄时两人不作预先排演，保留情绪一次过爆发，一take过，场面震撼到连摄影师看回放的时候都忍不住哭 。 沈震轩拍摄踩自行车追贼戏时跌伤致右手骨裂 。 拍摄沈震轩火场抱救陈敏之戏份时，沈震轩正康复中不能用力，剧组找替身抱陈敏之，再后期接上脑袋 。 原本沈震轩饰演“叶兆良”，森美饰演“连浩勤”。因森美身体不适辞演，“连浩勤”由沈震轩接演，“叶兆良”则由邓健泓接演，之前所拍的部分全部重拍 。 苗侨伟与林峯在警匪剧《雷霆扫毒》中饰演亦师亦友的警察，两年之后两人再次在《使徒行者》中合作饰演警察。 佘诗曼拍激吻戏时旧患复发，穿高跟鞋时寸步难行，拍摄时林峯一拉把佘诗曼拉到身边激吻，二人的温馨场面闹出不少笑话 。 梁烈唯有一饮喝醉后被朋友拍片，才知自己喝醉后如此搞笑，所以将喝醉后的自己套入角色中，演法似影帝张家辉 。 林峰在剧中的角色之所以叫“爆Seed”源自卡通片，意思就是在重要的关头突然间小宇宙会爆发，就会变得很劲。
