一级舰艇（航空母舰、战列舰、巡洋舰、核潜艇）由总参谋部命名；
二级（驱逐舰、护卫舰、潜艇、大型登陆舰）与二级以下级别舰艇由海军司令部命名。
水面舰艇具体命名规则为：
航空母舰、巡洋舰以行政省（区）命名；
驱逐舰、护卫舰以大、中城市命名；
船坞登陆舰、坦克登陆舰均以“山”命名；
训练舰以人名命名；
辅助船艇均以表明所在海区和性质的名称（如东拖、北油、南标）再加序号命名。
新造或新接舰艇入列或更名时，由批准授名的领导机关正式授予舰名舷号，颁发《舰艇命名证书》，舰艇按照《海军舰艇命名条例》的规定举行命名典礼；舰艇命名享受“终身制”，中途一般不予更名（不过也有例外，比如原565号导弹护卫舰“玉林号”，改为了“三亚号”，而2010年下水的569号，则命名为“玉林号”）。舰艇退役时，其舰名舷号由授予机关注销，不再授予后续舰艇。不过这里也有例外，如“广州”曾先后被用于命名160舰与168舰以及一艘1949年缴获的国民党军的英制护卫舰共三艘军舰。
舰艇编号
首先，每一艘军舰都是有正式名称的。这个名称在海军里就是它们的编号，很醒目地油漆在船舷上（因此又叫舷号），是数字的，不是中文。比如2008年12月赴亚丁湾、索马里海域执行远洋护航任务的“三舰客”的正式编号分别是169、171和887。
按照中国海军的有关规定：
1字头为驱逐舰（其中105－116属北海舰队，131－139属东海舰队，160－171属南海舰队）；
2字头、3字头为常规潜艇；
4字头为核潜艇；
5字头为护卫舰；
6字头为反潜护卫艇（猎潜艇）；
7字头为导弹护卫艇；
8字头为补给舰、扫布雷舰；
9字头为登陆舰。
500吨以下的小艇以X字头开始，X1字头为导弹艇，X2字头为鱼雷艇，X3字头为护卫艇，X5字头为登陆艇。
