1141年（绍兴十一年），金国在无力攻灭南宋的情况下，准备重新与宋议和。宋廷乘机开始打压手握重兵的将领，尤其是坚决主张抗金的岳飞、韩世忠二人。完颜兀术在给秦桧的书信中说“必杀岳飞，而后和可成”。
四月，张俊、韩世忠、岳飞三大将被调离军队，到临安枢密院供职。
五月，张俊在和岳飞巡视楚州韩世忠的军队时，暗中挑唆岳飞，欲一同分解此军，却遭飞严肃回绝。秦桧又欲陷害韩世忠，飞再次保全了韩。 岳飞回朝后，即遭秦桧党羽万俟卨、罗汝楫的弹劾，诬蔑飞援淮西“逗留不进”、主张“弃守楚州”，要求免除岳飞枢密副使之职。 八月九日，岳飞被罢枢密副使，充“万寿观使”的闲职 ，飞自请回到江州旧居赋闲。
岳飞此时已无兵无权，但对他的迫害却仍在步步紧逼。在秦桧授意下，张俊利用岳家军内部矛盾，威逼利诱都统制王贵、副统制王俊先出面首告张宪“谋反”，继而牵连岳飞。
张俊私设公堂，向张宪严刑逼供，毫无结果之下，竟捏造张宪口供“为收岳飞处文字谋反”。岳飞在江州居留，为时甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”临安府。十月十三日，岳飞被投入大理寺（原址在今杭州小车桥附近）狱中，此前其长子岳云也已下狱。
岳飞义正词严地面对审讯，并袒露出背上旧刺“尽忠报国”四大字，主审官何铸见此，亦为之动容。铸调查发现岳案证据不足，实为冤案，如实禀告秦桧。秦桧却说：“此上（高宗）意也！”改命万俟卨主审此案。[190]
卨用尽手段，也无法使岳飞三人屈招一字。飞宁死不自诬，乃至以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强支撑下来。[191-192]
十一月初七日，宋金“绍兴和议”达成：由宋向金称臣，将淮河以北的土地全部划归金国，并每年向金贡奉银绢各二十五万两匹。
和议虽已达成，但岳飞始终未能被释放。万俟卨等逼供不成，为了坐实冤狱，又为岳飞罗织搜剔了所谓“指斥乘舆”、“坐观胜负”等数条罪名，欲将飞一举定为死罪。
大理寺丞李若朴、何彦猷以飞为无罪，与万俟卨竭力争议，均遭罢官处分。布衣刘允升上书为飞申冤，被下大理寺处死。已赋闲的韩世忠因岳飞入狱之事质问秦桧，桧回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”世忠忿然道：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下？”[193]
十二月廿九日（1142年1月27日），宋高宗下达命令：
“岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护。[194] ”
岳飞在大理寺狱中被杀害（宋代史料并无“风波亭”的记载），时年39岁；岳云和张宪被斩首。岳飞的供状上只留下八个绝笔字：“天日昭昭，天日昭昭！”[195]
岳飞的死讯传出，百姓们都为之哭泣[196] ；消息传到金国，金国大臣们为此酌酒庆贺，并说：“和议自此坚矣！”[197]
岳飞被害后，狱卒隗顺冒险将岳飞遗体背出杭州城，埋在钱塘门外九曲丛祠旁。隗顺临终前，始将此事告知其子。[198] 1162年（绍兴三十二年）宋孝宗即位，岳飞冤狱终于平反。隗顺之子告以前情，乃将飞以礼改葬在西湖栖霞岭。1178年，宋廷为岳飞追赠谥号“武穆”，宋宁宗时追封为鄂王，理宗时改谥忠武。
岳飞虽然被杀害了，但他的业绩不可磨灭。岳飞表达了被侵犯民族的要求，坚持崇高的民族气节，坚持了抗金的正义斗争，为汉民族的文明绵延起了中流砥柱的作用！岳飞联合抗金军民一道，保住了南宋半壁河山，使南中国人民免遭金人的蹂躏，从而保住了高度发展的中国经济和文化，并使之得以继续向前发展。
