二次供水水箱的消毒方法主要是:紫外线消毒法，电子消毒法，含氯消毒剂消毒法，臭氧消毒法。
城市二次供水设施的清洗消毒要求:二次供水设施管理单位应当对二次供水设施(包括泵房、贮水池、水箱或水塔和附属建筑物等)每六个月至少进行一次清洗消毒，经有相应资质的检测单位检驱格后方可使用，并由管理单位向业主公示检验结果。
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消毒二次供水箱时候的注意事项:
1、定清洗时间后，应告示停水，通知清洗所需要的时间
和停水时间，便于用户做好贮水准备。
2、应了解供水系统的运转情况，掌握水池(箱)的数量、材质和贮水吨位，确定接电部位及清洗所需的人力、物力与设备，并相应做好一切准备工作，通知停止进水、放水。
3、进入现场后，接好电源，检查是否通电或漏电，有无隐患与不安全;然后放置水泵抽水、排水、并随时观察排水情况。
4、待水池的余水在12cm-20cm时，清洗人员穿清洗工作服
