1、如果起诉的话，手机短信能作为证据。
2、根据《民事诉讼法》第63条第1款第5项的规定，电子数据属于证据的一种。根据最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第116条第2款的规定，手机短信是电子数据的一种，所以，手机短信属于证据的一种，因此，如果起诉的话，手机短信可以作为证据使用。
3、如果手机短信能证明被告欠款，被告就无法否认欠款的事实。因为已经三年了，所以起诉的话请注意诉讼时效问题，如果未超过二年的诉讼时效期间，法院应支持原告的诉讼请求。
4、任何证据都必须经过查证属实才能作为认定案件事实的根据，手机短信也不例外，也必须经过查证属实。
