中华人民共和国成立至今，我国税收制度经历了数次改革，但随着社会政治经济的不断发展，我国现行税收制度仍存在着一些缺陷有待于进一步完善。
一、税制结构的缺陷
（一）税种结构不科学
经过多次税制改革，我国已经形成了以流转税、所得税为主体，以资源税、财产税、行为税为辅助税种的多层次、多环节的复合税制体系，且现行税制已经实现了与世界接轨。
但是，从主体税种的收入上看，所得税收入近几年仅维持在20％的低水平；流转税（增值税、营业税、消费税）占税收总收入的比重近几年一直维持在近70％的高水平。以流转税为主体的税制在充分发挥收入功能、保障税收大幅增长的同时，也弱化了所得课税调节收入分配的功能。此外，个人所得税的税收收入主要来源于工薪阶层，而来源高收入者的比例还很低。2002-2004年，来自工资、薪金所得项目的个人所得税收入占当年个人所得税总收入的比例分别为46.35％、52.32％、54.13％，3年平均为50.93％。据统计，2001年中国7万亿元的存款总量中，人数不足20％的富人们占有80％的比例，其所交个人所得税却不及总量的10％。如今，这一情况并未得到改变。
（二）主要税种存在的问题
以个人所得税和增值税为例：个人所得税是我国税制结构优化中应该格外注意的一个税种。对于我国个人所得税采用分人、分所得项目分别征收方法，不同项目之间的税率不同，税负轻重不一，存在问题很多。在整个税制结构中，个人所得税是纳税人偷逃税范围最大、各方面干扰最重、征收难度最大的一个税种。而增值税的主要问题突出表现在增值税的设计与征管环境不配套，致使偷税、避税、逃税现象大量存在。从我国目前的法制建设水平和税收征管环境状况看，增值税征管成本较高，税收损失严重。
（三）税负结构不合理
与大部分国家实行的消费型增值税相比，我国增值税的税负设计明显偏高，个人所得税税负设计虽然不算高，但由于税收级距较小，实际起到的调控作用倾向于一般收入水平者，边际税率水平显得偏高，从实际税负水平看，改革开放以来我国税收收入占的比重一直呈下降趋势。
产业税负不公平，与我国经济发展状况不相适应。现阶段，我国正处于产业结构升级的进程中，在国民经济发展的结构变化中，第一产业和第二产业的比重下降，第三产业的比重上升。
（四）征管方面不合理
我国现阶段的税收征管环境不完善，征管手段落后，征管人员素质偏低。
自1994年新税制运行以来，随着征管模式的变革，各地都在征收管理上下了不少功夫。但是从实际运行状况看，许多地方还停留在征管大厅的建设层面，计算机的配置既不能满足需要，使用效率也不高，在税收干部队伍中，征管人员能力偏低，征管过程中存在着较为严重的扭曲现象。由于各级政府存在着事权与财权的划分，过于关心本级政府能使用的税金的现象普遍存在，越权减免税、截留、拖欠中央税收，鼓励多入地方金库的做法相当普遍，从而使现行税收管理体制的正确执行大打折扣，税收弱化问题相当严重。
二、税收立宪的欠缺
目前我国宪法中只有第56条对税收进行了规定，即“中华人民共和国公民有依照法律纳税的义务”。从税收立宪的起源及其本质来讲，税收立宪重在规范国家征税权、保护人民的基本财产权和自由权，而我国宪法的这一条规定显然是从维护国家权利、保证人民履行义务的角度出发的，很难说我国已经进行了税收立宪。
我国宪法关于税收立宪的缺失导致了我国税法领域行政法规占主导，而法律占次要地位的局面，这一立法现状在世界各国都是罕见的。在我国加入WTO、融入世界经济一体化的时代潮流之时，大力加强税法领域的法治建设势在必行。
三、环保设计的缺陷
我国现阶段补偿环境侵害、调节污染者行为、筹集防治污染资金主要是通过排污收费制度现的。随着市场竞争的日趋激烈，一些污染企业为了降低企业的经营成本，千方百计逃避监管。排污费的征收主要是集中于大中城市的企业，大量小型企业和非企业污染主体，由于涉及面广，监控难度大，缺乏有效的监管。排污费的征管主要由地方环保部门负责，实施环节缺乏有效的监督。
目前资源收费政策着眼于微观环境，征收主体偏重于国有大中型企业；收费标准低，征收面较窄，渠道单一；征收管理混乱，主管部门职能交叉，部门利益冲突严重。
环境税发展才刚刚起步，严格说来，还不存在真正法律意义上的环境税。与环境有关的税费有消费税、车船使用税、资源税、城市建设维护税、固定资产投资方向调节税（现已暂停征收）和城镇土地使用税、耕地占用税等。在资源税方面，其性质被定位于一种级差调节手段。一方面资源税的计税依据是销售量或自用量，而不是开采量，客观上鼓励了企业对资源滥采滥用，造成了资源的积压和浪费。另一方面，税率过低，税率之间的差距没有拉开，缺少以引导资源的合理利用为目的的专门税种，消费税的征收范围过窄。优惠措施注释单一，主要限于减税和免税，受益面比较窄，缺乏针对性和灵活性，影响了实施效果。
综上所述，我国目前的税制还存在着诸多问题，已不能与我国日益发展的经济形势相适应，我们应认真研究当前的问题及形势，从而扎实有效地完善我国现阶段的税收制度。
