分录如下（假设不考虑增值税）：
1、在购买商品入库时，先确认应付账款作为负债：
借：原材料 5000
贷：应付账款 5000
2、预付2000元给对方：
借：预付账款 2000
贷：银行存款 2000
3、商品验收入库后，预付款冲销应付账款，并支付剩余款项：
借：应付账款 5000
贷：预付账款 2000
银行存款 3000
拓展资料
预付款项情况不多的企业，也可以将预付的款项直接记入“应付账款”科目的借方，不设置“预付账款”科目。若以该种方式做账，则会计处理如下：
1、购入时，先确认应付账款：
借：原材料 5000
贷：应付账款 5000
2、预付2000元给对方：
借：应付账款 2000
贷：银行存款 2000
3、支付剩余款项：
借：应付账款 3000
贷：银行存款 3000
使用预付账款科目时要注意：
1、防止利用预付账款作为“中转站”
按规定，企业的预付款业务必须以有效合法的供应合同为基础，而实际工作中有的企业的预付款业务根本无对应的合同，而是利用预付款这一“中转站”往来搭桥，为他人进行非法结算，将所得回扣或佣金据为已有；或利用该项业务转移资金，隐匿收入、私设“小金库”或私分。
如甲企业本与乙企业无任何业务往来，但甲企业的负责人与乙企业的财务主管有亲戚关系，于是，甲企业以收取一定“使用费”为条件，在审计人员的函证中证明该企业收到乙企业的预付款，给审计人员的工作制造了很大的障碍，使甲、乙两企业的会计核算失去了真实性。
2、防止利用预收账款作为“回收站”
在许多企业中，“预付账款”账户就发挥着“回收站”的作用，企业销售商品，不确认收入，而是暂时存放在“预收账款”账户中，作为预收款，日后，再作相反会计分录，视同退款。这样的后果就是企业可以偷逃收入、偷逃税金、隐匿收入。
参考资料：预付账款-百度百科
