一、定义不同
拥有药品销售上岗证就是医药营销师，是国家相关部门为了整顿医药营销行业而推出的一个职业资格鉴定。是从事医药产品的介绍、推荐、销售及售后服务的涉药专业人员。
药品从业人员上岗证是国家为了规范药品从业人员的知识储备，整合素质必须拥有的证件。
二、证件等级不同
药品销售上岗证该职业资格共分三级：助理医药营销师、医药营销师、高级医药营销师。
药品从业人员上岗证依据专业知识水平、职业技能和实际工作能力的从高到底，高级店长、中级店长、初级店长、优秀店员。
三、发展前景不同
中国药业人才网一项调查结果显示,我国药品行业中高层员工收入水平整体上涨5.98%,尤其是中高层管理人员薪酬涨幅达到11%以上。
医药行业对精通医药理论知识并具有管理能力的复合型人才的需求量很大，随着新修订的药品管理办法即将实施和药品分类管理制度的逐步推行，药店店长在药店经营和管理领域中将发挥越来越重要的用。可以判断，对于医药经营从业人员职业培训的考试报名审核的要求也越来越严。
目前医药市场竞争日趋激烈，更多的医药生产企业将目光从“生产”投入了“销售”，医药营销队伍不断扩大。据悉，部分医药生产企业的产品生产人员数量与医药销售人员数量相比已达1:8，而且这一数字正以每年近20%的速度发展。
医药营销师证书针对性强，只针对医药行业，以后将有可能变成医药行业销售的准入证，所以如果想从事医药销售的话，应该并应该尽早选择医药营销师职业资格证书。
参考资料：百度百科-医药营销师
参考资料：百度百科-医药经营从业人员职业认证
