1、立案案由不统一。此类纠纷在立案时案由确立不规范，分别有修理合同纠纷、承揽合同纠纷、服务合同纠纷甚至买卖合同纠纷等。这种不分属种、不按纠纷性质的立案，会导致因适用法律存在的某些不同，而影响司法统一性和权威性。
2、诉讼主体确定混乱。由于目前汽车维修商大多使用维修单为凭证，这容易导致汽车送修人即维修单上签名人与汽车实际权利人不同现象时有发生。一旦发生纠纷，一般以维修单上的双方为诉讼当事人，从而导致法院不得不追加当事人，而这种追加往往无法得到当事人的认可，使得主体混乱，诉讼拖延。
3、双方约定的权利义务确定难。由于目前汽车维修行业整体处于发展初期，没有政府或行业统一指导合同，大多消费者和维修商无订立的书面合同或者仅以简易维修单为证据，一旦出现纠纷，双方各执一词，其所约定的权利义务难以确认。
4、赔偿事实和数额确定难。由于汽车维修纠纷从以往简单以追缴维修款项发展到车内污染清理、汽车美容保养、车辆改装升级等引发的纠纷。各类项目维修程度、维修目标、零件标准、成本价格等大多未设立国家标准或者行业标准，一旦发生损害只能依据双方的约定，无法参照有关标准。
5、审理纠纷专业性、技术性强。在宁安法院受理的这类案件中有近四成的案件需要就汽车损害程度、损失数额大小委托专业机构进行鉴定或者评估，法官在理清事实和证据认定上越发依赖专家、专业意见，导致一些案件久拖不决。
6、纠纷双方对抗强，法庭调解难。一是由于市场上众多维修商利用自身的专业性采取夸大事实、以次充好、私调零件、变相收费等手段侵犯消费者的合法权益，导致双方互不信任，庭审对抗激烈;二是很多消费者以对方存在欺诈为由提出要求双倍赔偿，甚至有要求法院处罚维修商等明显不合法的诉请，双方各不相让，矛盾难以调和。
