1、发行机关不同：
往来台湾通行证：公安机关出入境管理部门。
入台证：台湾当局内政部移民署。
2、申请条件不同
往来台湾通行证：
（1）大陆地区居民因私事前往台湾地区探亲、定居、访友、接受和处理财产，处理婚丧及其他私人事务。
（2）大陆居民应邀前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访，以及执行海峡两岸直航航运任务等。
入台证：
（1）非在校学生年收入证明，年收入必须在12.5万元人民币以上；5万人民币银行定期存款证明，注明冻结期在旅行回来日期后；本人所持大陆银行或金融机构开立核发（白）金卡或（白）金卡证明。
（2）在校生：本人现就读学校的学生证或在校证明；如果申请人年龄在18岁-20岁（含20岁）,需要父母或直系亲属同意书
（3）未成年：不得单独申请台湾自由行个人游，须由直系亲属（只限父母）陪同前往；如户口簿能体现与同行的父母亲关系的，只需提供整本户口簿复印件；如户口簿不能体现与同行的父母亲关系的，则需提供出生证明复印件。
3、有效期不同
大陆居民往来台湾通行证有效期为10年，个人旅游签注（G签注）有效期为6个月，持证人在台湾停留时间自入境台湾次日起不得超过15日。
入台证：入台证有效期为三个月，可以停留最多十五天，但只可以出入境一次，之后要再重新在网上申请。
参考资料来源：百度百科-大陆居民往来台湾通行证
参考资料来源：百度百科-入台证
