大陆居民往来台湾通行证G签注和入台证都是去往台湾旅游所需的证件，但是在发放单位等方面是不同的，区别为：
1、办理地点不同。大陆居民往来台湾通行证G签注是在户籍所在地出入境管理处办理的个人旅游签注；而入台证是台湾当局内政部移民署办理的。
2、受理区域不同。大陆居民往来台湾通行证的受理是在全国任一出入境办理处；而受理台湾地区自由行入台证的城市有北京、上海、厦门、天津、杭州、广州、南京、济南、重庆、西安、深圳、福州、沈阳、郑州、武汉、苏州、宁波、青岛、石家庄、长春、合肥、长沙、南宁、昆明、成都和泉州等城市户口的居民。
3、使用期限不同。大陆居民往来台湾通行证G签证的有效期为六个月；而入台证的有效期为为三个月，可以停留最多十五天，但只可以出入境一次，之后要再重新在网上申请。
4、证件分类不同。大陆居民往来台湾通行证G签注在有效期内单次使用的，而入台证分单次证、逐次证、一年多次证、三年多次证之分。
参考资料来源：百度百科——大陆居民往来台湾通行证
参考资料来源：百度百科——入台证
